Лабомакака

Тут недавно Arc опубликовал очередную статью про ево2 Утверждается, что они научились моделью генерировать бактериофаги. Оставив в стороне вопрос — а зачем — ведь оптимизировать свойства генерируемого они не умеют, посмотрим саму статью. В конце концов, может это первый шаг. Но достаточно прочитать методы, чтобы увидеть, что модель не может сгенерировать структуру бактериофага сама. По-умолчанию вообще не может, хотя вроде в обучающей выборке он был. Надо дообучать на геномах целевого фага. Далее — модель не может уловить архитектуру фага — какие белки в какой последовательности и как должны быть расположены. Приходится жёстко фиксировать эту архитектуру и вводить жёсткие правила типо того, что в сгенерированный последовательности обязательно должен быть спайк белок с идентичностью не менее 60% нативному. Очень интересно. Ну и в принципе авторы гордо пишут, что в фагах, что они сгенерировали и те оказались функциональными, идентичность последовательностей белков не более 70%. Начнем с того, что белки с идентичной на 70% последовательностью скорее всего будут иметь точь-в-точь одну структуру. Далее вопрос, где различия накоплены — авторы предусмотрительно не рисуют наложений структур. А я подозреваю, различия в всяких петлях. Ну и наконец — для белковых моделей уже показано, что 1) можно ими генерировать функциональные белки 2) эти белки с "низкой гомологией белкам из тренировочной выборки" на самом деле будут составлены из двух-трёх белков этой выборки. Так как идентичность считается попарно, без анализа такое не увидишь, но оно есть. Кому интересно: ссыль1, ссыль2 По итогу возникает вопрос — а точно HMM на нужных семействах белков справится хуже? Или просто сэмплирования случайных букв в каждой позиции выравнивания? Ответа на этот вопрос нет, ибо удовольствие недешевое и до этого так не делали. А Арк бейзлайнов не делает. Ну и вообще замывает факт того, сколько там фильтраций и прочего. В общем конечно фанаты dnalm теперь будут прыгать и кричать что dnalm уже искусственные организмы делает. Советую в этом случае спрашивать у них детали из данной статьи:) А так статьи от Arc Institute надо воспринимать как пресс-релизы — много передергиваниц и преувеличений, а есть ли смысл — мое имхо что нет.

Статую Бафомета*, к сожалению, уже убрали. *Сатанизм не богоугоден и признан экстремистским

Классе в десятом я был большим фанатом "ТБВ". Благодаря Эмми я узнал о Кентерберийских рассказах, среди которых есть весьма пикантный (и дико угарный) "Рассказ мельника". До остальных мне тогда дела не было, т.к. там, как я понимаю, эротики нет никакой. Впрочем…

Классе в десятом я был большим фанатом "ТБВ". Благодаря Эмми я узнал о Кентерберийских рассказах, среди которых есть весьма пикантный (и дико угарный) "Рассказ мельника". До остальных мне тогда дела не было, т.к. там, как я понимаю, эротики нет никакой. Впрочем, можно будет проверить как-нибудь. Во флудилке научной коммуны мне посоветовали теперь вот такую книжечку. Стихи есть довольно забавные, но нередко без особого сюжета, а потому мне показалось в целом немного пресновато – у Чосера все же поинтереснее, хоть и не настолько откровенно. Апд. У последнего стиха есть рифма, даже читать приятно. Возможно, ещё сложности перевода сыграли роль. Апд.2 Нейробл@дь говорит, что пикантными у Чосера являются и другие Кентерберийские рассказы. Читаем.

Я, когда клонирование прошло удачно и можно отдавать образцы на секвенирование (осталось всего лишь ещё 15 кусков этих трёх генов):

Геномная «шифровальная книга» — ключ к пониманию генной регуляции у человека Опубликованы результаты большого международного проекта Codebook по определению ДНК-паттернов («мотивов») и участков связывания транскрипционных факторов в геноме человека. Ученым удалось выявить десятки тысяч ранее неизвестных сайтов связывания малоизученных транскрипционных факторов. Такие знания необходимы для аннотации индивидуальных вариантов в регуляторных районах генома и поиска ключевых белков-регуляторов, определяющих пути дифференцировки клеток и изменения экспрессии генов при патологиях. Анализом ДНК-мотивов в консорциуме Codebook руководили российские биоинформатики, которые рассказали PCR.NEWS о своей работе. Подробнее #новости PCR.NEWS в ВК | PCR.NEWS в Дзен | PCR.NEWS в MAX

Недавно имел удовольствие послушать от Ивана про этот проект своими ушами Не запомнил много деталей, но суть очень классная Здорово! Молодцы!

№4 "Дорогая принцесса Селестия! Сегодня я многое поняла. Оказывается, перед заказом праймеров надо считать их термодинамику и моделировать вторичные структуры. Ха! Кто бы мог подумать. Но зато теперь я точно это знаю, и обещаю, что в следующий раз мы будем тратить подотчётные средства с умом. Ваша верная ученица Сумеречная Искорка"

Каждый раз впадаю в ступор, когда незнакомые люди на улице обращаются ко мне за помощью в навигации. Топографического кретинизма у меня нет, к счастью, но вчера я случайно отправил людей сделать крюк от новаторской до калужской через академическую. До сих пор неловко. С другой стороны, можно и научиться картами пользоваться. И все же все равно неловко.

Все время напарываюсь на Сен-Санса. И на Шостаковича. Не принимает их душа. Какое-то эмоциональное ДТП у меня с ними случается. Каждый раз ощущение, что я снова у бабушки в гостях снёс своей тупой башкой горшок с цветком со стены. У Сен-Санса очень много…

Johannes Brahms: String Quartet No.1 in C minor Op.51 00:00 Allegro 11:25 Romanze : Poco adagio 18:40 Allegretto molto moderato e comodo - Un poco più animato 28:05 Allegro

Впрочем, может, я слишком мало слышал

Все время напарываюсь на Сен-Санса. И на Шостаковича. Не принимает их душа. Какое-то эмоциональное ДТП у меня с ними случается. Каждый раз ощущение, что я снова у бабушки в гостях снёс своей тупой башкой горшок с цветком со стены. У Сен-Санса очень много внешней красоты. У Шостаковича – драматического конфликта. Оба ощущаются каким-то чужеродными что-ли. А у Шумана, или Брамса, например, которые здесь уже мелькали, словно нет желания впечатлить слушателя. В данном случае музыка является способом разговора о чем-то личном. Она существует не снаружи, а внутри слушателя. Наверное, это мне в ней и нравится. Рефлексивное.

Время от времени пытаюсь узнавать про всякие интересные вещи, которые были бы полезны для работы в целом и для проектирования грамотных репортёров на все случаи жизни в частности. Что-то можно узнать от чата ЖПТ, но есть пространство вещей, которое он не осветит просто потому что не самое распространенное, например, а я не смогу об этом спросить, ибо не ведаю, о чем спрашивать. Оказалось, есть #прикольное выражение для этого: (un)known unknowns. Я так понимаю, выражение имеет политическое происхождение, и из него выросла т.н. матрица Рамсфельда.

Опять чота снимают

ИБХ и кучу других вузов внесли в список гондурасов в США https://www.war.gov/News/Releases/Release/Article/4553101/the-department-of-war-releases-updated-list-of-foreign-institutions-engaging-in/ ГОООЙДААА

Конечно же я клею свои мемы на холодильник в лабу Ведь их сделал я 🤡