Ленивое растение

Слегка ушёл в афк, очень много работы навалилось. Сейчас почищу фоточки с выездной школы и самое красивое покажу :) А пока что у меня есть 100500 фоток летучих мышей, которые надо перебрать

В сколтехе надо (опять) сделать проект по статистике, вроде мои умения в создании постеров улучшились, вышло довольно мило Из смешного: больше калорий — ниже оценка, больше клетчатки — выше оценка. И ещё люди не любят хлопья со второй полки почему-то

Смотрите, как чисто белок выделился. Это убиквитин, мы его сначала на Ni-NTA выделили, потом на гель-фильтрации и вуаля, чистенький! Обучаюсь новым методам, хотя никогда не думал, что буду заниматься биохимией

Дома появился 3д принтер, я могу теперь исполнить давнюю мечту — напечатать себе кучу молекул)))

Думаю, что партеногенезом биологов уже не удивить, и про скальных ящериц и про апомиксис одуванчика знают достаточно многие. Обычно для такого способа размножения характерно развитие организма из неоплодотворённой яйцеклетки (или клеток семязачатка в случае растений). Однако амазонская моллинезия (Poecilia formosa) не смогла отказаться от отношений с противоположным полом, хотя и размножается "партеногенетически". Эти рыбки, названные в честь воинственных амазонок, представляют из себя вид, состоящий исключительно из женских особей. Они спариваются с близкими видами (напр. P. latipinna, P. mexicana), однако в процессе мейоза отцовская ДНК элиминируется (видимо, причиной служит невозможность образовать синаптонемный комплекс)! Вот так вот, мне даже не понятно, а звать ли это партеногенезом вообще?) Как и другие способы асексуального размножения, это приводит к эволюционным проблемам, связанным с недостатком генетической рекомбинации и невозможностью к избавлению от вредных мутаций. Однако данные рыбки на всю катушку используют иной механизм — генную конверсию, чтобы этого избежать (что всё ещё не супер эффективно, но жить можно) Girl power

В лабе как-то дошли до обсуждения смешных статей, подкинули то, что я не знал. В прошлом году в журнале Science вышла статья о том, что мыши активно помогают своим сородичам, потерявшим сознание. Непрямой массаж сердца пока что делать не научились, но вот очистить дыхательные пути, вытащить язык и потормошить своего друга они могут Полный текст: https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC12011203/ Обзор статьи с прикольным видео: https://www.science.org/content/article/scienceadviser-mice-employ-aggressive-first-aid-resuscitate-unresponsive-companions

Вот я и стал научным руководителем, который пишет вот такие комментарии студентам в преддиплом

Написал для Атриума то, что меня уже давно бесит (и не одного меня), пусть тут тоже будет: Думаем, что до вас уже дошло обсуждение нашумевшей статьи, поэтому тоже вставим свои 5 копеек. Не так давно в Science вышла статья, в которой показан синтез ДНК при помощи белка DRT3b, причём синтез осуществляется безматрично — белок сам определяет, что и как ему поставить. Конечно, в такой системе тяжело придумать сложный продукт, так и тут — продуцируемая ДНК представляет из себя поли(АЦ/ГТ) повтор (АЦАЦАЦАЦ... и тд) Статью достаточно быстро начали цитировать в инфополе, но с достаточно интересной добавкой "учёные опровергли центральную догму молекулярной биологии!!!". Напомним, что центральная догма, разработанная ещё Ф.Криком, гласит, что информация передаётся от нуклеиновых кислот к белку и не может быть передана от белка к нуклеиновой кислоте. В основании лежит простая математика — у вас 64 триплета, но всего 20 (22) протеиногенных аминокислот. Получается с мРНК белок делается однозначно (напр. ССС — пролин), а вот обратно нельзя, информация потерялась (пролин —> ССС/ССA/CCG/CCU) Собственно рассказчики апеллируют к тому факту, что "смотрите, белок использует свои остатки, как матрицу для синтеза, а значит, он обратил центральную догму", но это не совсем корректно. Внимательный читатель сразу видит подвох — это вообще не про центральную догму и про перенос информации. Более того, подобные системы давно известны и вы даже можете их знать. Простейший пример — поли(А) полимераза, которая нематрично добавляет длинные цепочки А на конец РНК (кстати, она есть и у прокариот, правда там она наоборот дестабилизирует мРНК). Или, например, ССА-полимераза, которая достраивает ССА-хвостик у тРНК и тоже делает это безматрично. Не говоря уже о кучке ферментов, довешивающих нуклеотиды терминально Хотя статья-то хорошая, случай интересный, да и сами авторы ничего такого "ломающего догмы" не постулируют. Кто знает, может встретим задачки на это в олимпиадах в будущем году

Решил поисследовать немного MKRN3 в эмбрионах, коллеги из вивария вытащили мне 12-дневных, посмотрите, какая красота!

У меня в избранных сообщениях в тг постоянно лежат куски протоколов. ТГ придумал ввести ИИ для перефразирования и я решил проверить, а что он сделает с моим протоколом? БЫЛО: Протокол для нокаута: Ставим отжиг (V=20 мкл): лигазный буфер Rapid lig buf 5x (4мкл) 1 мкл Forward 1 мкл Reverse 14 мкл воды. 10 мин на 95С. Потом выключить нагревание и дать остыть 2-3 часа Ставим лигирование (V=10 мкл) 20-30 нг плазмиды (PX458 порезаная) 0.5 мкл олигов после отжига 5x rapid lig buf 2 мкл T4 днк лигаза 0.5 мкл довести водой до 10 мкл 10 минут на комнатной температуре (1/2 берем на трансформацию, остальное на +4С) СТАЛО: Вот устав для умиротворения духа, называемого нокаутом: Сотворите отжиг, и объем его будет двадцать микролитров, и будет в нем: буфер лигазный, Rapid lig buf 5x, четыре микролитра; и один микролитр от предтечи, Forward; и один микролитр от завершителя, Reverse; и четырнадцать микролитров вод, дабы очистить сосуды. И накалите их на огне, девяносто пять градусов, в течение десяти минут, а затем угасите пламя и дайте им остыть в тишине два или три часа, ибо написано: «Благословен, кто ждет, и не торопится». Затем совершите лигирование, и объем его будет десять микролитров: возьмите двадцать или тридцать наномикрограмм плазмиды, PX458 порезаная; и полмикролитра олигов, прошедших отжиг; и два микролитра буфера 5x rapid lig buf; и полмикролитра лигазы T4 днк; и доведите всё это водами до меры десяти микролитров. И оставьте их на десять минут при температуре земной, и половина их пусть идет на трансформацию, а прочее да хранится в холоде, на четыре градуса, ибо мудр тот, кто делит дары свои с умом. занавес.

Почитал статьи, какие иногда ужасные субстраты узнаёт BER (эксцизионная репарация оснований) и решил перерисовать картинку в лекции. Благо дошли руки скачать ChemDraw наконец-то На самом деле задумываюсь, а кому это вообще надо, чтобы я так красивенько отрисовывал презы, но, надеюсь, когда-нибудь меня хватит на написание какого-то учебника и это всё пойдёт туда

Составил тут програмку для летнего курса, решил наконец поговорить о том, что вообще никогда не успевается в основном курсе — молбио митохондрий и вирусов, а также эволюция вообще всех систем Надеюсь, слушателям зайдёт

Пока пишу статью, узнал ужасные вещи. Оказывается убиквитинировать белки можно не только за лизины, а ещё и за серин/треонин. И вы спросите "ну и что с того". А этот факт открыл мне дорогу в ужасное болото. Ведь убиквитинироваться могут не только белки, но и липиды (фосфатидилэтаноламин в аутофагосоме), сахара (HOIL-1 убиквитинирует гликоген и тд.), нуклеиновые кислоты и поли-АДФ рибоза (DTX3L)!!! https://journals.physiology.org/doi/full/10.1152/ajpcell.00069.2023 https://doi.org/10.7554/eLife.98070 https://www.frontiersin.org/journals/molecular-biosciences/articles/10.3389/fmolb.2022.1008175/full https://doi.org/10.1016/j.tcb.2023.03.014