Заметки лабораторного кота
описание
Заметки дилетанта широкого профиля.
456
подписчиков
Охват к подписчикам
36,0%
ERR
Реакции к просмотрам
2,52%
234 на 49 постов
Пересылки к просмотрам
1,14%
106
Постов в день
1,7
всего 66
Где отзываются чаще
доля реакций к просмотрам- 17 авг.Такие дела.8,18%
- 17 авг.Белковое секвенирование остаётся одной из самых сложных задач современной молекулярной биологии, в отличие от хорошо отработанных методов секвенирования ДНК и РНК. Но недавно группа китайских исследователей из Нанкинского университета предложила новый метод, использующий нанопору MspA с иммобилизованными ионами никеля для распознавания пептидов. В отличие от классического подхода, где молекулы проходят через пору насквозь, в этом методе пептид «пришпиливается» к иону никеля в устье поры на время от десятков миллисекунд до секунд. Этого времени достаточно, чтобы измерить уникальный электрический сигнал, который отражает последовательность аминокислот в пептиде. Применяя машинное обучение для анализа сигналов, авторы смогли распознать все 20 протеиногенных аминокислот, посттрансляционные модификации и даже пептиды длиной до 39 остатков. Метод позволяет детектировать мутации, например, в неоантигенах BRAF и KRAS, а также идентифицировать биологически активные пептиды. Главным достижением стала демонстрация возможности сборки полной последовательности пептида по перекрывающимся фрагментам, полученным при гидролизе трипсином и термолизином. Хотя метод пока ограничен длиной пептидов и требует больших обучающих выборок для машинного обучения, он открывает принципиально новые возможности для прямого анализа белков и пептидов на уровне одиночных молекул. В отличие от масс-спектрометрии, этот подход потенциально способен работать со сложными смесями без предварительного разделения и может стать основой для диагностики, мониторинга терапии и фундаментальных исследований. Авторы подчёркивают, что их разработка особенно перспективна для детекции мутантных пептидов и модифицированных форм, связанных с возрастными и онкологическими заболеваниями. Однако для внедрения в клиническую практику потребуется решить вопросы пропускной способности и адаптации метода к неочищенным биологическим образцам. Тем не менее, работа демонстрирует, что нанопоровое секвенирование белков может стать реальностью уже в ближайшем десятилетии, дополнив и, возможно, частично заменив существующие протеомные технологии.6,12%
- 11:13Химическая лаборатория у биологов: идеальный порядок, чтобы не завелась никакая ненужная жизнь. Химическая лаборатория у химиков: идеальный беспорядок, чтобы случайно произошло самозарождение какой-нибудь жизни.6,10%
- 6 авг.Ген худобы или природный Оземпик! Существует редкая мутация которая делает с организмом почти то же самое, что делает Оземпик и другие препараты класса GLP‑1, но естественным путём, без лекарств! Мутация в гене FNIP1 меняет то, как клетки расходуют энергию, ускоряет метаболизм и снижает риск целого набора болезней. Этот ген работает в паре с белком фолликуллином и выполняет древнюю эволюционную задачу - замедлять расход энергии, чтобы организм запасал жир "на чёрный день". Это было полезно десятки тысяч лет, когда еда была редкостью. Но сегодня, в мире избытка калорий, такая система играет против нас. Если один из двух экземпляров FNIP1 сломан, организм начинает работать наоборот: жир не копится, а сжигается, клетки расходуют энергию быстрее, а метаболизм становится "экономичным" в правильном смысле. По данным исследования, среди более чем миллиона людей мутация встретилась примерно у 150 человек - то есть примерно 1 из 7000. У носителей сломанного FNIP1 наблюдалось: • меньше жира в печени • ниже уровень липидов в крови • ниже уровень сахара • больше мышечной массы • примерно на 60% ниже риск ожирения, диабета и кардиометаболических заболеваний Эволюционно мутация редкая, потому что раньше она была вредной: люди с ускоренным метаболизмом хуже переживали периоды голода. Но сегодня она стала полезной. Если один ген может радикально изменить метаболизм, то это намекает на будущее генетической медицины. Если отключение FNIP1 в печени делает организм устойчивым к ожирению и диабету, то можно представить терапию, которая временно подавляет FNIP1 только в печени или редактирует его активность у людей с высоким риском метаболических заболеваний. Генетическое вмешательство может быть более стабильным, точным и менее зависимым от постоянного приёма лекарств5,58%
- 15 авг.Вынесено из комментариев: -> На самом деле химия – единственная наука негреческого происхождения. Слово "химия" (в латыни и оттуда в других европейских языкаэ - "шэми") происходит от слова "Шам", что означает "Египет", и указывает на древнеегипетское происхождение этой науки. PS: перегонку и пивоварение придумали древние египтяне, а использовать перегонку для получения спирта придумали арабы. Думайте! -> Может от бальзамирования фараонов пошло? -> Не исключено. Но скорее всего – от пивоварения. Без фараонов прожить можно, а без пива – нельзя.5,31%
- 13 авг.Сдаётся мне, что масштаб этого прорыва немножечко преувеличен громкими заголовками. По сути, авторы не создали новую жизнь, а ускорили эволюционный поиск в узком пространстве, жёстко заданном природой. Модель не смогла сгенерировать архитектуру вируса самостоятельно, поэтому исследователям пришлось вручную зафиксировать структуру капсида и ввести строгие правила, например, требование обязательного наличия спайк-белка с гомологией не менее 60% к природному. В итоге из почти трёхсот сгенерированных вариантов только шестнадцать оказались работоспособными, что говорит о том, что большая часть нейросетевогр творчества была шумом. Кроме того, в статье даже нет сравнения с другими аналогичными методами, поэтому непонятно, даёт ли примерение нейросетей реальное преимущество или просто увеличивает информационный шум. При этом в пресс-релизах старательно замалчивают роль человеческого фактора в полученных ркзультатах.5,06%
- 14 авг.Вынесено из комментариев: Химия зародилась в средние века из алхимии, которая позднее разделилась на загнивающую химию и благородную науку самогоноварения.4,94%
- 17 авг.Открыт BRP - эндогенный пептид, эффективно подавляющий аппетит и вызывающий потерю веса, механизм которого принципиально отличается от агонистов GLP-1. Авторы разработали вычислительный инструмент Peptide Predictor для поиска новых биологически активных пептидов, предсказывая сайты разрезания ферментами семейства PCSK (это 9 молекулярных ножниц, отвечающих за созревание гормонов). Среди сотен предсказанных пептидов они идентифицировали 12-аминокислотный пептид BRP (BRINP2-related peptide), который является продуктом расщепления белка BRINP2 (это прогормон из головного мозга, роль которого была раньше малоизучена). На мышах и мини-пигах BRP продемонстрировал мощный анорексигенный эффект (снижение аппетита) и способность обращать ожирение вспять, действуя через центральную нервную систему (гипоталамус) и независимо от рецепторов GLP-1, лептина и MC4R (* это рецептор меланокортина 4-го типа на мембранах нейронов гипоталамуса - центральный переключатель между чувством голода и сытости) При этом BRP не вызывал тошноты и отвращения, а действовал быстро. Похоже, что скоро у исследователей, а потом и на рынке, появятся новые препараты. Ps. 🔸Для человека нужно будет все 100 раз проверить, возможно что эффективная доза вызовет побочные эффекты 🔸До сих пор не найдены рецепторы для BRP 🔸До сих пор не ясны роли большинства найденных гормонов, в том числе что ещё делают BRP и BRINP24,71%
- 7 апр.#обозревая_происходящее Мы понимаем, что хотел сказать Русский Рисерч (и гиперболы тоже), но все же по пунктам, юный падаван: -учи матчасть, чтобы ходить в интернеты так, как хочется и/или нужно тебе, а не так, как решила известная структура. Рецептов дофига, ловит даже на парковке. Как гласит старая еврейская мудрость, если проблему можно решить установкой пары приложений деньгами, это не проблема, а расходы, -Если не спасает сайхаб, опять отвалился Нексус (он то есть, то нету), а на RG авторы текст не загрузили, то действуем дедовским способом: пишем бро, которые щас трудятся за бугром, они качают пдф и шлют тебе. Если ты сирота и социофоб не обзавелся такими контактами, иди в профессиональные чаты типа Научной Коммуны (вот список) и попроси добрых людей - помогут, -не работай с мудаками, особенно когда дело касается денег (это мы насчёт приобретения расходников за наличку и сопутствующих финансовых телодвижений и рисков). Люди иногда скурвливаются внезапно, но чаще нет. Как показывает обзор институтских да вузовских уголовных дел по выводу денег в нал, чаще всего все происходит так: 1) По фигуранту приняли решение гасить и просто искали повод. В таком раскладе быть чистым и непорочным не поможет - все равно поимеют, как в старом анекдоте про раввина и первую брачную ночь, 2) Человек окончательно потерял берега - выводит крупные суммы для себя любимого настолько нагло, что дальше некуда, 3) идиот, который мутит такое через заведомо недружественных людей (а ля ректор вызывает подчиненных и ставит их перед фактом, не считаясь с их мнением). В общем, это вопрос подбора кадров, авторитета командира и благополучного климата в группе. Одно дело, когда глава группы покупает что-то за нал в лабу и все понимают, для чего это нужно и куда пошли деньги, и совсем другое - когда люди сидят на голодном пайке, а с них собирают дань, чтобы поехать на Мальдивы. -не забывай, что даже сейчас кое-что иногда целесообразнее спереть позаимствовать у зарубежных коллег и притащить в родную лабу (наука же не имеет границ, да?) О том, как это делать и не вляпаться, читай тут, -Зоопарк говорит: не надо публиковаться без нужды в платном ОА. Это и раньше часто было расточительством, а сейчас, когда переводы ходят плохо, а денег дают все меньше - тем более. Если некуда потратить деньги, пиши в личку, скинем счет Есть куча бесплатных журналов, всегда можно выбрать приемлемый по рейтингам и срокам. Про то, как это делать, мы писали в рубрике #зоопарк_из_слоновой_кости, если надо, напишем еще (кидайте комменты). И две простых мысли, обе не наши: -в России можно добиться очень многого, если не спрашивать разрешения, -незнание законов не освобождает от ответственности, а знание - освобождает. Твои, Смотрители4,57%
- 3 июн.#зоопарк_одобряет Внеклеточная ДНК растений как естественный инсектицид: как Pittosporum tobira борется с вредителями Растения выделяют в окружающую среду не только вторичные метаболиты, но и внеклеточную ДНК. Еще раньше было обнаружено, что такая ДНК может работать как инсектицид, но механизм, как именно это работает, оставался во многом неясным. Биологи из Крымского федерального университета (Симферополь) @vernadskycfu и Никитского ботсада (Ялта) @nikitasadru совместно с коллегами из Китая и Турции изучили Pittosporum tobira (смолосемянник) и его вредителя - Coccus hesperidum (мягкая ложнощитовка). Оказалось, что наружный слой кутикулы листьев P. tobira содержит внеклеточную одноцепочечную ДНК длиной около 100 нуклеотидов, происходящую как из хлоропластного, так и из ядерного геномов. Стоит ей попасть на насекомых, как они начинают быстро дохнуть. Авторы предполагают, что это результат микроэволюции генома и пластидома P. tobira - формирование инсектицидной внеклеточной ДНК (eci-DNA) как части защитной стратегии. Но это не все. Ученые показали, что антисмысловая олигонуклеотидная ДНК (на примере инсектицида Coccus-11) способна активировать ретротранспозоны в щитовке, повышая экспрессию их обратной транскриптазы (RT) и РНКазы H - ключевых ферментов для реализации "генетического зиппера" (технологии на основе антисмысловых олигонуклеотидов, ранее разработанной для борьбы с вредителями). Авторы предполагают, что выделенная ими природная ДНК работает схожим образом. Теоретически получается, что такие безопасные для человека и животных средства защиты растений можно получать сравнительно простыми биотех-способами, а это уже весьма интересно для практического применения. Статья вышла в International Journal of Molecular Sciences (IF = 4.9) Фото смолосемянника взяли на сайте ЦСБС СО РАН4,52%
- 18 мар.без подписи4,48%
- 16 мар.🧠 Биокомпьютеры на клетках мозга В марте 2026 года австралийский стартап Cortical Labs объявил о создании двух небольших площадок для размещения биокомпьютеров CL1, работающих на клетках человеческого мозга. 🇦🇺🇸🇬 Первый центр уже заработал в Мельбурне (Австралия). Второй проект реализуется в Сингапуре совместно с оператором дата-центров DayOne. Планируется, что там поэтапно разместят до 1000 таких устройств. Вместо традиционных процессоров в центрах используют системы CL1, которые сочетают выращенные в лаборатории человеческие нейроны с кремниевыми чипами. Клетки получают и отправляют электрические сигналы через микросхему. Программное обеспечение анализирует их реакцию и интерпретирует её как вычислительный результат. 🩸 Нейроны для таких систем выращивают из стволовых клеток, полученных из человеческой крови. Они размещаются на специальной плате, которая позволяет взаимодействовать с клетками почти так же, как с обычным процессором. Разработчики утверждают, что биологические вычислители значительно превосходят традиционные по энергоэффективности. Например, один блок CL1 использует меньше электричества, чем карманный калькулятор. Также ожидается, что новая технология обработки данных позволит исследовать принципы взаимодействия человеческих нейронов с электронными компонентами и расширить возможности гибридных вычислительных технологий, объединяющих биологию и классическую электронику. #биотехнологии #нейронауки #международноеобозрение4,25%