Лаборатория анализа метагеномов

Добрый день, коллеги! Ещё одним партнёром нашей конференции в этом году стал научно-популярный портал Биомолекула. Хотим поделиться информацией от коллег: Конкурс «Био|Мол|Текст» — 15 лет вдохновения и науки🧬 Дорогие друзья, мы рады сообщить, что в юбилейный раз запускаем конкурс «Био|Мол|Текст»-2025/2026 на лучшую научно-популярную работу о современной биологии! Если вы начинающий или уже состоявшийся популяризатор науки, приглашаем вас поделиться своими идеями, рисунками или видеоработами на любимую тему. 🔥 В этом году мы готовы удивить вас новой спецноминацией от Центрального университета — «Искусственный интеллект в биологии», которую судят два настоящих гуру в этой области: Михаил Бурцев и Александр Горбань; а фавориты получат уникальную возможность посещать семинары профессора Горбаня, пройти отбор на дипломную или научную работу, получить консультации специалистов Института AIRI и присоединиться по фаст-треку к проектам AIRI — AGI_Med и AIDD. Генеральный партнер конкурса — биотехнологическая компания BIOCAD — вновь поддержит номинацию «Академия & Бизнес». Номинацию «Свободная тема», как всегда, поддерживает SkyGen. Ну а поддержку «Школьной» номинации окажет Благотворительный фонд «Белая лилия». Помимо этого уже несколько лет с нами Диаэм и наш книжный партнер — издательство «Альпина нон-фикшн». Ну и наконец, партнер награждения — музей БИОТЕХ. Помимо этого, мы вручим два спецприза: «Огненный дебют» и Honoris Causa. 📅 Работы принимаются с 1 июля по 1 декабря 2025 года включительно. Результаты будут объявлены на награждении победителей в апреле 2026 года и опубликованы на сайте biomolecula.ru. 🌍 Участвовать может каждый — неважно, сколько вам лет или какой у вас опыт. Главное — желание создавать и делиться наукой! Мы поможем каждому участнику пройти первичный отбор и доработать статью до публикации. 🎓 🔍 Тематики конкурса: молекулярная биология, биомедицина, био- и нанотехнологии, иммунология, вирусология, микробиология и, конечно, новые горизонты ИИ в биологии! Хотите обсудить тему своей работы? Проконсультируйтесь с нами по ссылке 💬 📥 Подать статью можно здесь. Подробную информацию о конкурсе читайте на сайте. Позвольте вашим идеям зажечь мир науки и вдохновить других. Мы ждем именно вас! 💡✨ #Биомолтекст2025_инфо

Здравствуйте, уважаемые участники! 🦠 Мы рады сообщить, что продлили дедлайн подачи тезисов на IV Международную конференцию "Геномика, метагеномика и молекулярная биология микроорганизмов" ❗️ДО 31 ИЮЛЯ❗️ Конференция состоится 25-26 октября 2025 в Сколковском институте науки и технологий. ❗️Сроки подачи тезисов до 31.07.2025❗️                  👇              👇              👇 🦠Зарегистрироваться и подать тезисы🦠                   👆              👆              👆 С подробностями можно ознакомиться на сайте конференции. Участие в конференции бесплатное.

В этом году конгрессом-партнёром конференции "Геномика, метагеномика и молекулярная биология микроорганизмов" является OpenBio 2025! Хотим поделиться информацией от коллег: 📰 Открыта регистрация на OpenBio 2025! Мы приглашаем всех, кто интересуется актуальными направлениями биоинформатики, биотехнологий и биомедицины, стать участником мероприятия 2025 года (с 23 по 26 сентября)! Если вы студент, молодой ученый, исследователь или практикующий специалист до 35 лет, готовый поделиться своим опытом и новыми идеями, эта конференция для вас! Вы сможете представить свои исследования в одной из шести актуальных секций: 🦠 Вирусология 🧪 Биоинформатика 💉 Фундаментальная медицина 🔬 Биотехнология 🧫 Биофизика 🧬 Молекулярная биология Подробное описание каждой секции вы найдёте ЗДЕСЬ. Формы участия: ➗Очное выступление ➗Онлайн-выступление ➗Заочное участие 🔺Участие в OpenBio — это шанс заявить о себе в научном сообществе, расширить контакты и получить поддержку ведущих экспертов. ✅ Отобранные тезисы будут опубликованы в сборнике конференции, размещены в научной электронной библиотеке eLIBRARY с индексацией в РИНЦ и присвоением DOI каждому тезису, допущенному до публикации в сборнике. Хотите быть в центре научных открытий? Подать тезисы для участия в конференции можно до 1 августа 2025 года. ➡️  ПОДАТЬ ТЕЗИСЫ ЗДЕСЬ 📰 Подписаться на канал конференции чтобы быть в курсе всех новостей можно здесь

🦠 IV Международная конференция «Геномика, метагеномика и молекулярная биология микроорганизмов» (IV GMMMC 2025) 🦠 🗓 25-26 октября 2025 📍 Сколковский институт науки и технологий (Москва, Территория Инновационного Центра “Сколково”, Большой бульвар д. 30, стр. 1) 🗣 Рабочие языки конференции: русский и английский Если вы исследователь в области метагеномики, молекулярной биологии, генетики и биохимии микроорганизмов, хотите поделиться своей работой и обменяться опытом с ведущими учеными, ждем вас в Сколковском институте науки и технологий! Вас ждут два интенсивных дня научных событий, включающих пленарные лекции ведущих ученых, устную и постерную сессии, возможности для продуктивного общения во время кофе-брейков и специально организованной дополнительной программы. 📝 К участию приглашаются студенты, аспиранты и ученые. Зарегистрироваться, а также подать заявку на участие в сессии докладов и тезисы можно по ссылке. ⏰ Регистрация открыта до 15 сентября. Дедлайн подачи тезисов – 30 июня 2025 года 🌐 IV GMMMC 2025 #конференция

Программа нашей конференции «Геномика, метагеномика и молекулярная биология микроорганизмов» уже опубликована на сайте. В этом году спонсором конференции является Компания Хеликон. Компания Хеликон — один из ведущих российских поставщиков продукции для научных, диагностических и производственных лабораторий. Оказывает комплекс услуг от этапа проектирования и доставки, до запуска оборудования, обучения персонала на местах и квалифицированного сервисного обслуживания. 121374, Москва, Кутузовский проспект, д. 88 8 800 770 71 21 E-mail: mail@helicon.ru Web: www.helicon.ru

Добрый день, уважаемые участники конференции! Вчера мы отправили всем участникам письма с результатами экспертизы тезисов. В случае, если кто-то из тех участников, кто присылал нам свои тезисы при регистрации на конференцию, не получил вчера информационного письма от организационного комитета конференции, пожалуйста напишите нам сегодня на studymetarussia@gmail.com. В скором времени мы опубликуем программу конференции и более подробную информацию об устной и постерной сессиях конференции. ------------------------------------ Dear conference participants! Yesterday you should have received an email from us with the results of the abstract review. In case you submitted your abstract, but did not receive an email from the organizing committee yesterday, please write to us (studymetarussia@gmail.com) today. We will soon publish the conference program and oral and poster sessions guidelines.

Сейчас наши коллеги Анна Трофимова и Алексей Самолыго в Греции, выступают там с докладами на международной конференции Extremophiles 2024. Как мне передают, доклад про CRISPR/Cas систему, которую мы открыли в кунаширских бактериофагах, вызвал большой интерес у публики, в том числе у специалистов в области защитных систем, очень приятно это слышать. Нам еще предстоит большая работа - нужно охарактеризовать сам Cas белок (выяснить, с какими направляющими РНК он связывается и где кусает ДНК), но думаю, что из этого выйдет интересная история (и, надеюсь, хорошая статья). Тем временем мы проанализировали пробы компоста, которые вы нам прислали. Во всех пробах обнаружились термофильные бациллы, и в культуре из одного образца, по предварительным данным, есть бактерии рода Thermus. Будем работать с ними дальше, но нам нужны еще образцы компоста. Если у вас есть компостная куча, которая сейчас разогревается, и, если вы можете собрать пробы в самой горячей фазе и передать их нам, будем очень благодарны!

Я в приятном шоке от оперативности подписчиков - первый образец компоста нам привезли уже сегодня прямо к порогу института, этот материал уже в работе. Если найдем термусов или их фагов, расскажем, что получилось! Нам нужно много образцов - чем их больше, и чем они разнообразнее, тем больше шансов, что нам повезет увидеть в них что-то интересное и необычное. Так что сбор образцов актуален. С уважением, Матвей

Лаборатория анализа метагеномов pinned «В связи с этим у меня есть небольшая просьба, с которой я хочу к вам обратиться. Экспедиции к горячим источникам оказались очень плодотворными, и похоже, что из геномов фагов, которые заражают T. thermophilus, можно извлечь много всего интересного, и такие…»

В связи с этим у меня есть небольшая просьба, с которой я хочу к вам обратиться. Экспедиции к горячим источникам оказались очень плодотворными, и похоже, что из геномов фагов, которые заражают T. thermophilus, можно извлечь много всего интересного, и такие исследования хотелось бы продолжить. Когда я искал геномные последовательности, хоть сколько-то похожие на геномы вирусов, которых мы выделили, несколько таких последовательностей нашлось в опубликованных метагеномах компоста. Дело в том, что компостные кучи на определенной стадии разложения сильно разогреваются, и температура в них поднимается выше 60 С – достаточно, чтобы там начали размножаться гипертермофильные бактерии. Поскольку компостные кучи встречаются гораздо чаще, чем горячие источники, мы хотим попробовать выделить новых фагов из такого компоста. Поэтому, если вы являетесь обладателем дымящейся от жара компостной кучи и готовы поделиться этим бесценным материалом с нами (нам много не нужно, пару граммов в пробирке достаточно) – напишите мне, пожалуйста (@atnongara). С уважением, Матвей

Здравствуйте, уважаемые подписчики, У меня есть интересные новости о научной работе в нашей лаборатории. В нашей лаборатории есть группа, которая занимается исследованием гипертермофильных бактерий и их вирусов. Ранее мы организовали экспедицию к горячим источникам острова Кунашир и из привезенных образцов выделили больше десятка фагов, которые заражают гипертермофильных бактерий Thermus thermophilus. В геномах некоторых из этих фагов обнаружились любопытные локусы, кодирующие, в частности, новые защитные системы. Подробнее об этом можно прочитать здесь: https://doi.org/10.3390/v16091410 Одна из самых интересных вещей, которую нам удалось найти – это новая CRISPR-Cas система V типа, которую кодируют открытые нами бактериофаги. Пока мы не знаем всех деталей функционирования этой системы, но предварительный анализ показывает, что фаги используют эту CRISPR-Cas систему для того, чтобы бороться с другими мобильными элементами. Эффекторная нуклеаза этой CRISPR-Cas системы сильно отличается от ранее известных эффекторов систем V типа, и мы предполагаем, что эта система относятся к новому, ранее неизвестному подтипу. Нам удалось перенести систему на плазмидный вектор, и она у нас заработала – к примеру, если нацеливать систему на фаговые геномы, она защищает клетки от инфекции. Эта система интересна тем, что эффектор в ней — это очень компактный односубъединичный фермент, активный при высокой температуре (как минимум при +70 С). Термостабильных односубъединичных CRISPR-Cas эффекторов известно очень мало, и вполне может оказаться, что открытый нами белок стабильнее прочих. Эффекторные белки CRISPR-Cas систем V типа используют для создания систем специфической детекции нуклеиновых кислот (DETECTR), которые можно, к примеру, использовать для обнаружения патогенных организмов. Термостабильные эффекторы V типа в этом плане интересны тем, что систему DETECTR можно совместить с изотермической амплификацией и тем самым повысить чувствительность метода. Так что, возможно, наши открытия окажутся небесполезными с прикладной точки зрения. Словом, эта работа оказалась успешной – мы обнаружили новую группу бактериофагов, в этих фагах обнаружили новую CRISPR-Cas систему, которая не похожа на ранее описанные, и эта система оказалась активной (хотя специалисты в области исследований CRISPR-Cas систем говорили нам, что, скорее всего, у нас ничего не получится). Многие детали работы этой системы остаются неизвестными (к примеру, совершенно непонятно, как система приобретает новые спейсеры, поскольку у нее отсутствует модуль адаптации), но я думаю, что эти открытия нас еще ждут. Кроме этого, в других бактериофагах тоже обнаружились защитные системы, активность которых мы прямо сейчас проверяем.

Поздравляю коллег с публикацией работы в журнале Nature! Ура! https://www.nature.com/articles/s41586-024-07874-3

Коллеги из Сколтеха устраивают курс/практикум по анализу геномных данных с упором на геномику растений. Хороший вариант провести выходные, рекомендую. https://new.skoltech.ru/events/high-throughput-genome-analysis-course

Доброе утро! Мы рады сообщить, что в этом году снова будем проводить конференцию "Геномика, метагеномика и молекулярная биология микроорганизмов". Будем рады Вашему участию! III Международная конференция «Геномика, метагеномика и молекулярная биология микроорганизмов» 📆 23-24 ноября 2024 🚏 Сколковский Институт Науки и Технологий (Москва, Территория Инновационного Центра “Сколково”, Большой бульвар д. 30, стр. 1) 🗣 Рабочий язык – русский, английский. Лаборатория Анализа Метагеномов и Центр молекулярной и клеточной биологии Сколтеха приглашают к участию в III конференции «Геномика, метагеномика и молекулярная биология микроорганизмов» студентов, аспирантов, ученых, специализирующихся в области геномики, метагеномики и молекулярной биологии микроорганизмов. Конференция направлена на обмен знаниями и опытом, обсуждение результатов новейших научных проектов, содействие сотрудничеству между ведущими специалистами в области широкого круга тем, связанных с генетикой, молекулярной биологией и биохимией микроорганизмов. Программа конференции будет включать пленарные лекции ведущих ученых, устную и постерную сессии, возможности для общения (кофе-брейки, социальная программа). Для участия необходимо заполнить форму на сайте https://studymeta.ru/gmmmc2024, включающую информацию об участнике и тезисы доклада. Организационный комитет рассмотрит все поступившие заявки и пригласит участников, чьи работы будут наиболее интересны и близки тематике конференции, для доклада в рамках устной или постерной сессии конференции. ⏰ Дедлайн подачи заявок – 15 сентября 2024 года Подробная информация и форма регистрации на сайте конференции.

Шагаем в будущее метагеномики со Сколтехом Представители Фонда встретились с Артемом Исаевым, руководителем лаборатории анализа метагеномов Сколтеха. Ученый провел экскурсию по высокотехнологичной лаборатории и представил свою амбициозную команду. Их исследования публикуются в высокорейтинговых журналах, включая Nature. Особенно интересно было узнать о масштабных проектах команды. Например, благодаря «Атласу микробных сообществ РФ» наполняется база геномных данных микроорганизмов северных морей страны. На данный момент в ней уже более 300 образцов, которые могут помочь в поиске перспективных антибиотиков. Еще один проект — изучение защитной системы бактерий от вирусов «PARIS». Она работает по принципу взведенного курка — в нужный момент запускается процесс, убивающий зараженную бактерию. По итогам встречи было решено, что Артем Исаев представит на рассмотрение Фонду два проекта: получение коллекций бактериальных штаммов, продуцирующих антибиотики, и создание новых CRISPR-cas редакторов 🧬

Нашими работами интересуются люди.

Цирк уехал, а клоуны остались Грант закончился, но работа в нашей лаборатории продолжается. Сегодня вышла наша статья об исследовании необычной CRISPR-Cas системы типа VI. Главный компонент этой системы - белок Cas13, который образует комплексы с CRISPR-РНК и ищет мишень. Системы VI типа специфически распознают РНК, комплементарные спейсерной части CRISPR-РНК, и это распознавание активирует РНКазную активность белка Cas13. Однако активированный Cas13 расщепляет не ту РНК, которую распознал, а те молекулы РНК, которые находятся рядом (так называемая "коллатеральная активность"). Если активировать белок Cas13 в бактериальной клетке, то в клетке подавляется синтез белков, и она прекращает расти и делиться. Подавление синтеза белка в клетках, видимо, обусловлено расщеплением клеточной РНК, но какие именно РНК расщепляет эта CRISPR-Cas система при активации? В этой работе при помощи RNA-Seq мы сделали детекцию сайтов расщепления РНК, которые появляются при активации CRISPR-Cas системы VI типа, взятой из бактерии Leptotrichia shahii. Оказалось, что наш активированный белок Cas13 действительно проявляет коллатеральную активность, и эта активность довольно специфична - белок расщепляет не что попало, а тРНК в районе антикодоновой петли. Если активировать белок в клетках E. coli дикого типа, то происходит еще и активация токсинов из токсин-антитоксиновых систем, и мы также увидели продукты расщепления РНК, которые производятся токсиновыми РНКазами, которые связываются с элонгирующей рибосомой. Видимо, расщепление тРНК подавляет трансляцию, и за счет этого система способна подавлять развитие вирусов. Вообще говоря, белки Cas13 довольно разнообразны, и для некоторых из них показано, что они при активации неспецифически расщепляют более-менее любые РНК. Нам с нашей системой в каком-то смысле повезло. Было бы интересно проанализировать специфичность других Cas13, чтобы понять, является ли предпочтение к тРНК предковым признаком, или это результат поздней специализации. Белки Cas13, благодаря своей коллатеральной активности, используются в чувствительном методе детекции нуклеиновых, который называется SHERLOCK. В этом методе белок Cas13 заряжают гидовой РНК, специфичной к детектируемому транскрипту, а в реакцию добавляют специальный зонд - очень короткую молекулу РНК, к концам которой присоединены флюорофор и гаситель. Если Cas13 распознал мишень, то за счет коллатеральной активности он расщепляет зонды, флюорофоры отсоединяются от гасителей, и флуоресценцию можно задетектировать приборами. Если коллатеральная активность нашего Cas13 такая специфичная, то это можно использовать для дизайна зондов - может быть, это повысит чувствительность метода. https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.adl0164

⚡️⚡️⚡️ Наша лаборатория совместно с всемирно известными специалистами в молекулярной биологии и биоинформатике запускает международный конкурс IBIS (Inference of Binding Specificities, определение специфичности узнавания) Конкурс посвящен предсказанию паттернов в последовательностях ДНК, узнаваемых специальными белками - факторами транскрипции. Участвовать в конкурсе можно как людям из машинного обучения, так и классическим биоинформатикам. Он отлично подходит и новичкам для того, чтобы попробовать свои силы. Победа в конкурсе дает сооавторство в высокорейтинговой публикации, а также является хорошей возможностью порекламировать свой подход и навыки в биоинформатике или машинном обучении. Особая ценность конкурса заключается в том, что его данные по сути “исчерпают” список регуляторных белков человека, для которых ДНК-паттерн связывания неизвестен или известен плохо. Таким образом, победа практически гарантирует повсеместное дальнейшее использование победившего подхода для целого ряда биоинформатических задач, включая построение сложных генных сетей и объяснение эффектов мутаций, влияющих на работу генов. Большое число заболеваний связано с мутациями не в кодирующих белки, а в управляющих работой генов "регуляторных" областях генома. На уровне последовательности, механизм функционирования этих последовательностей ("регуляторная грамматика") основан на связывании специальных белков – транскрипционных факторов (ТФ). На данный момент разработано большое число методов, как классической биоинформатики, так и машинного обучения, для предсказания связывания ТФ с последовательностью ДНК. В то же время существует несколько проблем: Отсутствуют современные бенчмарки этих программ, тестовые данные из которых не были бы известны на момент разработки тестируемых методов; Плохо решена задача переноса предсказаний между различными видами экспериментов (оценивающими связывание для "природных" последовательностей из генома человека или для случайных последовательностей). IBIS должен решить обе проблемы – за счет новых и разнообразных данных для транскрипционных факторов, о которых ранее не было ничего известно, и за счет честного независимого сравнения простых классических и сложных современных моделей. Ждем всех желающих! Не упустите возможность заявить о себе! Твиттер-тред конкурса (@kehrlaehda)

Выглядит интересно, думаю, кого-то из подписчиков заинтересует.

А помните, на самом первом нашем интенсиве-практикуме мы искали гены ДНК-мимикрирующих белков фага T5, которые активируют систему PARIS? За прошедшие два года эта тема развилась в очень большое исследование с участием нескольких крупных научных групп, и мы подготовили небольшой рассказ об этом. https://studymeta.notion.site/PARIS-b222e0849d4341ce9da73cc5f6830a25