Дно

🔺Часть 9 И да, всем очень бывает инетерсно – что же за странное название Frigidoalvania? Особенно его первая часть. Придётся пояснить за имена 🤘 Просто Alvania (без приставки Frigido-) – это один из очень давно описанных родов риссоид. Я, честно не интересовался откуда взялось это название. Приставка Frigido- означает «холодный», то есть как бы получается альвания, только холодная. Ну логично, ведь название было именно для северных улитонек стокгольмцем Андерсом Вареном. Интересно, что почти одновременно для этих же самых улитонек Санкт-Петербургский исследователь Александр Голиков предложил названия Arctonia, которое на мой взгляд более изящное. Но работа Голикова была опубликована только несколько лет спустя после работы Варена, а по правилам номенклатуры используется название, предложенное первым. P.S. И да, интересная рефлексия – я сейчас написал о готовом исследовании гораздо меньше, чем пишу в #мастерская@bottom_bottom о работе, которая ещё на очень ранних этапах. Наверное это потому что с одной стороны – когда дело сделано, то и говорить-то особо не о чем, вот есть основной результат, а с другой – 90% того, что я делаю не попадает в конечных результат работы. Это обычно тестирование провальных гипотез, отработка методов для тестирования провальных гипотез и исправление ошибок при отработке методов для тестирования провальных гипотез #Морские #Арктика

🔺Часть 8 Спойлер: мы сейчас, потратив мой годовой бюджет на пирожные «картошка», получили уже полностью поддержаное дерево с такой же топологией, правда для этого пришлось добавить туда уйму видов, в том числе одну линию, которая как раз становится между «синей» и «зелёными», но это тема ещё для двух историй. Пока эти статьи в бесконечном аду рецензирования 🤬, а сосны, которые станут бумагой для них растут в подводном лесу. На дереве есть несколько других видов этого рода (они, кстати, тоже есть на картинках в части 5) – тихоокеанская Frigidoalvania asura и арктическая Frigidoalvania cruenta. Причём все остальные их родственники тоже тихоокеанские. То есть несмотря на красную ракушку все фригидоальвании попали в Арктику разными путями, да и строго говоря вообще не родственники. В общем, мы открыли очередной ящик пандоры, который нужно будет разгребать ещё минимум в серии исследований. Так что следите за обновлениями Дна! 🔻 #Морские #Арктика

🔺Часть 7 Вы наверно спросите – а почему же виды объединили вместе из-за красного периостракума? Это наверно очень важный эволюционный признак и учёные научные работники потратили не один год, чтобы это установить 🤔 Не-а 🙂‍↔️ Это такая же параша гипотеза, как например рёбрышки или складки кишечника и это показал наш филогенетический анализ. Ну как показал … в этот раз не очень показал, но в следующий – обязательно покажет 🤪 В общем, после долгой серии экспериментов, с разными вариантами рассчётов удалось получить филогенетическое дерево, статистическая поддержка (это маленькие циферки у ветвлений, в идеале они должны быть единицами) которого хоть как-то нас устраивала. Вот, оно, на картинке ниже. 🔻 #Морские #Арктика

🔺Часть 6 Все фригидоальвании красного цвета, потому что систематическое положение влияет на морфологию (с) к этому роду относили только моллюсков с развитым красным периостракумом – это такой мягкий белковый слой, который покрывает раковину, он иногда развит у улиток а иногда – нет. И ещё он может образовывать выросты, если вы когда-нибудь видели волосатых улиток, то это тоже вариант периостракума. У фригидоальваний этот слой плотно примыкает к раковине, так что при подготовке микропрепаратов его приходится сначала растворять в водном растворе гипохлорида натрия отбеливателе «Белизна», а затем соскребать остатки кисточкой. Вот, посмотрите, как выглядит высушенный, но неотскрябаный периостракум у Frigidoalvania и других улитонек – Buccinum ciliatum и Sibirovalvata sibirica. Когда-то я готовил эти фотоньки для методической работы, но пока нет деняк ресурсов её доделывать, то пусть хоть тут будут. 🔻 #Морские #Арктика

🔺Часть 5 А ещё посмотрите на других фригидоальваний, с которыми я сравнивал новый вид. Многие из этих экземпляров, кстати, я фотографировал в Стокгольме и Бергене, потому что их описывали в середине 19-ого века скандинавские исследователи. С точки зрения точности употребления названий очень важно изучить именно экземпляры, на основе которых были сделаны первые описания. Дно писало об этом. 🔻 #Морские #Арктика

🔺Часть 4 В общем вот, поглядите на самих улитонек. Отдельно раковины и отдельно – куски половой системы 🔻 #Морские #Арктика

🔺Часть 3 Основная крутизна нашей работы – мы нашли действительно эндемичный вид, который с очень большой долей вероятностью живёт в одном-единственном, очень небольшом месте в Центральной Арктике. Других таких видов известно мало, строго говоря до этого момента был известен только один, да и то с оговорками. Он известен из одного глубоководного подводного леса, но возможно это только потому что других сборов с затопленных деревяшек из арктического глубоководья почти нет. Наша новая улитка, напротив достаточно мелководная, живёт всего на 70 метрах, то есть в очень изученной зоне. Обычно же арктические улитоньки имеют очень широкие ареалы и живут сразу в нескольких (если не во всех) морях океана (вот, картинки кстати). А ещё метановые сипы на шельфе Арктики изучены довольно хорошо, в том же море Лаптевых (и его окрестностях) этих сипов изучили аж четырнадцать штук, однако улитоньки нашлись только в одном, причём регулярно в разные года. То есть это пока действительно первый случай находки прямо настоящего эндемика Арктики среди улитонек. 🔻 #Морские #Арктика

🔺Часть 2 Потом я начал изучать для себя молекулярную филогенетику. Это когда мы сравниваем фрагменты генов у разных улитонек и сложными рассчётами пытаемся понять кто кому родня. Примерно как тут. И я решил что просто описывать новый вид скучно и нужно непременно прочитать его гены. Вообще мои отношения с молекулярной филогенетикой можно описать строками из песни (или вот на русском): You loaded 16 tons and what are you get? Another day older and deeper in debt …. Когда после очередного абсолютно безрезультатной попытки я зимней ночью шёл по парку в котором работаю и курил мыслено заменяя в этой песне “16 tons” на “16S”. и грустно улыбался, вспоминая очередную форезную плашку без следов продуктов ПЦР. На то чтобы подобрать сочетание реактивов, которые действительно работали с моими улитоньками мне пришлось потратить два года. Зато когда я его подобрал у меня получилось сразу очень много-много данных, которые я начал анализировать и метановые улитоньки опять оказались не в приоритете, к тому же получилось там далеко не всё, что хотелось. В позапрошлом году я всё-таки обработал тонны фотографий, полученных ещё во время первых грантов, и сделал морфологическую часть своей работы, а моя аспирантка дообработала старые последовательности ДНК и мы построили пусть и не самое лучшее, но всё-таки филогенетическое дерево. 🔻 #Морские #Арктика

Всякие закономерности распространения зверюшек – это, конечно, очень интересно. Но пора написать про то, чем действительно должен заниматься каждый учёный научный работник – про описание новых видов 🤩 *Сообщение от пояснительной бригады: это метаирония. Конец сообщения от пояснительной бриагды.* Тем более, что у меня наконец-то вышла первая из серии статей про мою любимую (но никому не известную) группу морских улитонек – семейства Rissoidae. Этих мелких улитонек я полюбил очень давно, тем более, что первые мои два гранта, которые дали мне не столько деньги, сколько возможность поверить в свои силы или фигурально – оттолкнуться ото дна, были посвящены именно им. Тогда же мне подкинули пробирку со странными улитоньками из метановых сипов моря Лаптевых. К слову, я тогда не знал что такое метановые сипы (напомню, это места – где со дна пузырьками сочится метан и другие органические газы, которые мы с вами сжигаем, когда кипятим чайник) и слабо представлял где находится море Лаптевых. Улитки были немного похожи на Frigidoalvania janmayeni, это очень широко распространённый вид в Арктике, но явно были чем-то новым. Тогда же я сделал препараты для сканирующего микроскопа с мелкими деталями её анатомии, а так все остальные виды этого рода (для сравнения) мной уже были изучены, то ничего не мешало её описать …. Но тут начались всякие переезды, обустройство новой лаборатории и я на какое-то время забыл про этих улитонек. 🔻 #Морские #Арктика

🔺Часть 6 И да, я очень люблю картинки. Вообще я трачу времени на визуальную часть результатов любого исследования больше чем на текстовую (ну не считая обсуждения, которое я иногда пишу годами долго). Обычно я делаю минимально приемлемые картинки в R, а после доделываю их в графическом редакторе. Очевидный недостаток такого подхода – если пересчитал анализ (вспомните с чего началась эта ветка), то нужно заново редачить картинки, что занимает уйму времени. В этот раз я попробовал сразу вставить в скрипт все параметры для идеальной картинки, которую можно будет прогонять с разными данными без изменений. К тому же сейчас есть нейросети, а значит – можно не вставлять в код кучу правок вручную а просто попросить ии-ассистента сделать красиво поставить такой-то шрифт там-то, задать прозрачность для того-то цвета и выровнять так-то. Поначалу это казалось прикольным, но потом я посчитал что потратил на такие объяснения в несколько раз больше времени, чем кастомизировал бы это вручную. К тому же у меня внезапно кончились токены (я только сейчас узнал, что они могут кончаться 😳), именно поэтому картинка еще немного сыровата. В общем этот эксперимент я больше воспроизводить не буду. Заодно, у меня было время подумать, что пока я объясняю бездушной машине, какой текст сдвинуть на три пикселя вправо, мог бы уже закончить начать другой более концептуальный проект, к которому я все не нахожу времени подойти. #мастерская@bottom_bottom #Морские #Арктика

🔺Часть 5 А вот и результаты такого теста для улитонек на разных работах в разных морях, чем светлее квадратик – тем значимее фактор для вида. В целом чаще всего модель портит случайное перемешивание значений о глубине, солёности и кислотности (в простонародье – pH). Но в каждом море своя специфика. Например для Центральной части Арктики (Arctic Ocean) очень важна глубина, в Восточно-Сибирском и море Лаптевых – солёность, ведь они сильно распреснены стоком сибирских рек. 🔻#мастерская@bottom_bottom #Морские #Арктика

🔺Часть 4 Ну и наконец, так как основная гипотеза ради которой я всё затевал не подтверждается и историческая изоляция оказывает небольшое воздействие на распространение улитонек, то можно заняться детально анализом среды, в которой улитоньки живут. Ранее, в истории про испанских слизней я выкладывал красивые картинки с результатами таких анализов. Такие же я сделал и для каждого вида арктических улитонек, но изначально не понимал, как сделать эти графики компактными. Если выделение групп любых групп получается скорее искусственным, поэтому дать две или три картинки с усреднёнными характеристиками возможно – не лучший вариант. В общем мне как-то удалось впихнуть все результаты для всех морей и всех видов на один лист 🎉 Что всё это значит? анализ по очереди перемешивал в каждом из морей значения каждого из факторов и смотрел насколько ухудшится модель (про то как оценивают её улучшение или ухудшение тут) если какой-то из факторов (например глубина) по сути не будет формировать среды (которая имеет какие-то закономерности) а просто станет набором непредсказуемостей, что для улитонек норм, если фактор значения не имеет, но критично, если он очень значим. Например, если для вас на работе важен размер зарплаты, а цвет стула, на котором сидите – не важен, то в эксперименте где мы оставляем зарплату стабильно высокой приемлемой, но каждую ночь меняем сукно на стуле возможно вы ничего даже не заметите. А вот если стул не трогать, а за работу каждый месяц платить разную сумму, то это может оказаться причиной быстрого вымирания увольнения. Так работодатель узнает, что вы не эстет, а меркантильная сволочь 🤭 🔻 #мастерская@bottom_bottom #Морские #Арктика

Ещё я проаналаизировал сами предсказания моделей распространения отдельных видов улитонек и тоже сгруппировал виды в две категории (которые также никак не соотносятся с остальными). Тем не менее, эта группировка полезна хотя бы потому что в статье нельзя привести проекции распространения сразу для 23 видов, а вот усреднённые, для двух групп – можно. Вот, поглядите на них 🔻 #мастерская@bottom_bottom #Морские #Арктика

🔺Часть 2 Ещё я попробовал выделить что-то вроде функциональных групп. Это когда виды объединяют по общим чертам их образа жизни (как долго живут, зарываются ли в грунт, кого кушают и прочая хурма) всякими статистическими анализами. Но так как про образ жизни улитонек известно чуть-чуть, я добавил то, что известно – размеры, наличие выростов на голове или ноге, форму раковины, тип развития – это всё хоть и на полшишечки связано с их образом жизни. А ещё я добавил туда распространение за пределами Арктики и получились trait-and-distribution groups (извините, я не придумал, как это прилично назвать по-русски). Также я выделил группы видов по типу недооценённого арела (это вот обобщение картинки из части 1) и будущего ареала после апокалипсиса 2090 года. И эти группы между собой никак не сходятся. Пока я не знаю что делать с этим результатом – просто оставить его или сделать отдельный блок текста про тестирование разных групп с выводом о том, что закономерности выделить нельзя 🤔 🔻 #мастерская@bottom_bottom #Морские #Арктика

Итак, в прошлый раз в в #местерская@bottom_bottom я похвастался красивыми картинками, но пока анализировал данные и удивлялся результатам, нашёл у себя недочёт. Как мы помним, я пытаюсь оценить нереализованную экологическую нишу, которую я, если очень грубо считаю как предсказанную моделью территорию без реального ареала (а если не грубо, то читайте тут). Скрипт, который отрисовывает нереализованный ареал я брал из своего другого исследования и он включает в него не все точки, а только 95% процентов из них, то есть без сильно отклоняющихся. Это ок, для изначальной работы, к которой писался скрипт, но не годится для той, которую я делал сейчас. Поэтому я всё пересчитал, чтобы включались все точки находок и пересчитал. Нереализованный ареал оказался ещё меньше. Вот, посмотрите, как это выглядит сейчас, а заодно и как изменился ареал для того же вида что и в предыдущем репорте 🔻 #мастерская@bottom_bottom #Морские #Арктика