Лаборатория Геномики Пироговского Университета

Так уж вышло, что наш канал о клинической генетике, поэтому иногда публикуем задачки🙇🏼‍♀️ В общем, пишите, нравится ли такой формат🥹 Все совпадения, как вы знаете, случайны. 🤓Пациентка, 16 лет, обратилась с жалобами на головные боли, общую слабость, тремор.…

Так уж вышло, что наш канал о клинической генетике, поэтому иногда публикуем задачки🙇🏼‍♀️ В общем, пишите, нравится ли такой формат🥹 Все совпадения, как вы знаете, случайны. 🤓Пациентка, 16 лет, обратилась с жалобами на головные боли, общую слабость, тремор. Симптомы появились около 6 месяцев назад. Периодически пациентка отмечает приступы тревоги, которые сопровождаются тошнотой, жаром во всем теле, выраженным страхом смерти. Во время первого приступа была вызвана бригада скорой помощи: артериальное давление — 180/120 мм. рт. ст., проведено купирование гипертонического криза, от госпитализации пациентка отказалась. После этого самостоятельно начала приём эналаприла в дозе 5 мг 1 раз в сутки. За период заболевания отмечает снижение массы тела на 15 кг. Наследственный анамнез отягощён: у матери в возрасте 30 лет диагностирован медуллярный рак щитовидной железы. Данные обследования 🔹Кальцитонин  31,2 пг/мл (норма <6,4 пг/мл) 🔹Ионизированный кальций  1,34 ммоль/л (норма 1,16-1,32 ммоль/л) 🔹Паратгормон  34 пг/мл (норма 15-65 пг/мл)   Катехоламины в суточной моче:   🔹Адреналин — 486 мкг/сут (0-20,1) 🔹Норадреналин — 359 мкг/сут (15-80) 🔹Дофамин — 1200 мкг/сут (65-400)   Физикальный осмотр Кожные покровы физиологической окраски. На задней поверхности шеи и спине — зудящие красновато-коричневые чешуйчатые приподнятые над поверхностью кожи элементы (см картинку). Ладони влажные и холодные. Со стороны органов чувств — без особенностей, слух и зрение сохранены. ⌛️⌛️⌛️⌛️⌛️⌛️ Ответ опубликуем в воскресенье, в 18.45🤓

Уже обсудили, почему иногда заключения получаются «пустые». Теперь два вечных российских вопроса: Кто виноват? Что делать? Первый опустим. Предположим, что клинические биоинформатики смотрят внимательно, все качественно аннотируют и регулярно обновляют базы данных. В сомнительные места советуем не ходить, а сразу обращаться к специалистам🤓 Что делать? Разберем на примере WES. Распространённая тактика такая: WES пришел отрицательный - назначаем WGS сразу. Расскажем про другие возможные варианты. 🔹Доступная опция - повторный анализ данных секвенирования. Чем больше времени прошло между первичным и повторным анализом, тем больше вероятность найти причину болезни. Рекомендуется реанализ каждый год при «пустом» заключении. 🔹Можно обратиться для переанализа в другую лабораторию - разные пайплайны и внутрилабораторные правила иногда приводят к разночтениям. 🤩Лайфхак: Уточните, входит ли в WES интерпретация вариантов во фланкирующих интронных областях и анализ вариаций числа копий генов. Однако помним: для некоторых CNV все еще лучше использовать MLPA, ХМА 🔹Иногда следует переделать WES. Новые поколения зондов создают более равномерный «захват» экзонных областей, при этом менять производителей зондов нет смысла (наша, родная статья). Фокус сработает, если, например, заменить Agilent V4 на Agilent V5, хотя сейчас в ходу уже 8 поколение. 🔹Обратное фенотипирование: NGS стал доступнее и больше пациентов с промежуточными фенотипами и стертой клинической картиной стали попадать в поле зрения врачей. Поэтому иногда стоит присмотреться к некоторым вариантам и провести дополнительные лабораторные и инструментальные исследования. Люди не болеют «по учебнику» и это нормально🥹 🔹Трио-WES помогает искать de novo варианты и сразу выполнить анализ сегрегации. Также в сочетании с глубоким фенотипированием помогает при болезнях со сложным механизмом наследования (например, дигенным) или если у пациента не одна, а сразу две или три патологии. Надеемся, что вы в трио смотрите не только de novo варианты😈 🔹Нужно быть осторожным при диагностике митохондриальных болезней, немного рассказали об этом выше. 🔹Выбор исследуемой ткани тоже влияет на результат, в том числе при митохондриальных болезнях и состояниях, вызванных постзиготическими мутациями. 👩🏼‍⚕️Врач-генетик - ваш лучший друг. Если удается поставить диагноз по клинической картине, то можно прицельно изучить гены, варианты в которых приводят к формированию фенотипа (хитрые VUS, небольшие CNV, а также сделать RNA-seq) или перейти к назначению других, не-NGS, методов исследования, актуально для болезней импритинга и экспансий повторов. Что еще может повлиять на эффективность ДНК-диагностики? Феномен гонадного и соматического мозаицизма, X-сцепленный характер наследования, вариабельная пенетрантность и экспрессивность😬 Еще возможна ситуация: другие, не генетические, а самые обычные🫠🫠🫠 заболевания и причины для состояния больного.  В общем, оставляем шпаргалочку (см фото). Авторы предлагают использовать для неврологических состояний, но нам кажется, будет полезно для любой группы болезней🐸 PS пост по мотивам статьи ❤️‍🔥

Мы тут подумали, что стали весьма серьезные и официальные🤓 Поэтому держите актуальный мем на злободневную тему🤩 На всякий случай: Это Джорж Мартин, автор Песни льда и пламени, свою последнюю книжку он пишет уже 11 лет и постоянно переносит дату выхода, все время отвлекается на какую-то чушь (прям как эксперты ACMG)

🧬 В Пироговском университете открыта магистратура «Управление генетической программой», где студент пройдет путь от идеи до создания собственного генотерапевтического препарата на основе AAV. За один год будет освоен полный цикл разработки: молекулярный дизайн, доклинические исследования, работа с нормативной документацией и подготовка проекта к выходу в клинику. Программа подойдет выпускникам бакалавриата по биологии, химии и смежным направлениям, которые хотят работать в современной биомедицине и фармацевтической индустрии. Что вас ждет: 🧬 генная и клеточная терапия 🧪 технологии редактирования генома 📊 прикладная биоинформатика 💼 управление биомедицинскими R&D-проектами 🔬 работа с реальными кейсами и современными технологиями. 📌 Поступление: 🔹обучение за счет образовательных грантов от спонсоров программы 🔹прием документов — до 12 августа 🔹документы подаются через сайт РНИМУ им. Н.И. Пирогова 🔹вступительные испытание — собеседование и тестирование 19 августа 🔗 Подробнее о программе

21-22 мая прошла ежегодная конференция Московского общества медицинских генетиков 🫡 Наш врач-генетик Алия Кудакаева приняла в ней участие и выступила с докладом «Клиническая характеристика и критерии диагностики хроматинопатий: на примере синдромов Рубинштейна-Тейби и Корнелии де Ланге». 🤍Хроматинопатии связаны с генами-модификаторами хроматина (эпигенами), которые управляют пространственной структурой ДНК и активностью других генов. Эпигены входят в общие молекулярные пути и имеют схожие функции, что объясняет наличие идентичных клинических проявлений различных хроматинопатий. А заболеваний насчитывается более 170! 🤍На сегодняшний день сохраняются проблемы диагностики и еще неизученные особенности: 🤩Наличие атипичных форм и схожих фенотипов затрудняет постановку диагноза. 🤩Количество вариантов VUS больше, чем патогенных/вероятно патогенных. 🤩Не у всех пациентов есть генетическое подтверждение заболеваний (даже после WGS). 🤩До сих пор не изучены механизмы возникновения атипичных форм. 🤍В помощь врачу-генетику на сегодняшний день, помимо изучения эписигнатур, приходят клинические критерии диагностики некоторых хроматинопатий, например, синдрома Рубинштейна-Тейби и Корнелии де Ланге. При отсутствии ярких и специфических симптомов у пациента эти критерии могут быть полезным инструментом в постановке клинического диагноза после проведенной ДНК-диагностики (а мы с вами помним, что ДНК-диагностика лишь дает подсказки, но последнее слово всегда за клиницистом). Пациенты с подозрением на заболевание из группы хроматинопатий могут записаться на консультацию к Алие Анваровне 👩‍⚕️

25 и 26 июня прошел форум «Орфанные болезни», на котором выступил заведующий Лабораторией геномики Дмитрий Олегович Коростин. Тема доклада: интерпретация геномных данных человека для клиники на горизонте 10 лет🔮 Выступление доступно на сайте, но мы расскажем основные моменты. 🧠 На настоящий момент наиболее трудно масштабировать именно клиническую интерпретацию данных NGS, спрос на исследования растет, а количество специалистов не увеличивается 🧠 WGS всем - палка о двух концах. С одной стороны, можно искать глубокие интронные варианты, проще обнаружить CNV, а также транслокации и другие типы перестроек (и некоторые другие типы вариантов) С другой - нужны намного большие ресурсы для секвенирования и анализа данных. И, конечно, не забываем: больше VUSов богу VUSов😇 🧠 Появляется все больше веб-ресурсов для интерпретации, все больше спецификаций критериев и рекомендаций. Безусловно, выигрывает тот, кто знает, где посмотреть и что с полученной информацией делать 🧠 Все активнее входит в рутинную практику искусственный интеллект: вспомним хоть SpliceAI и AlphaMissense - без них уже как без рук. 🧠 Реанализ данных - важный этап работы лаборатории. Иногда новый диагноз появляется лишь потому, что в обновились базы гены-заболевание. Появляются и автоматизированные ресурсы, например, Talos В общем, уже завтра нас ждет: ✨Все больше WGS и, возможно, RNA-sequencing ✨Рост качества и эффективности интерпретации: больше предикторов и ресурсов, наполнение существующих баз - количество перейдет в качество ✨Возможная автоматизация реанализа данных ✨Интерпретатор все еще будет востребован, а искусственный интеллект будет ему помогать Ждем ваши прогнозы в комментариях🔮

Всем привет🤓 Думаем, вы уже успели соскучиться. Так вот, мы вернулись🥹 Сейчас расскажем, где пропадали и что происходило в течение полутора месяцев❤️‍🔥 🔵Наш замечательный врач-генетик Алия Кудакаева выступила на конференции Московского общества медицинских генетиков с докладом про трудности диагностики хроматинопатий (фото 1) 🔵Дорогой заведующий Дмитрий Коростин рассказал об интерпретации данных NGS в будущем на конференции Орфанные болезни-2026 (фото 2) 🔵Великолепный младший научный сотрудник Алина Самитова заняла 2 место на конкурсе молодых ученых, а научный сотрудник Вера Белова стала финалистом конкурса (фото 3) 🔵А еще мы обновили список услуг и прайс-лист 🔵И теперь мы есть на Яндекс картах В общем, ставьте лайки, ждите подробностей 😎

Особенности митохондриальной охоты. Часть 1 Сегодня у нас в гостях Ольга Паршина и Алия Кудакаева, врачи-генетики Лаборатории Геномики Пироговского университета🦭 (они ведут свой тг-канал). Итак, вы решили начать интерпретировать варианты в митохондриальной ДНК. Что полезно знать и понимать? Начнем от печки. Митохондриальный геном - кольцевая молекула ДНК, состоит из 16 569 оснований и содержит 37 генов, кодирующих белки (протеин-кодирующие mRNA), транспортную РНК (tRNA) и рибосомальную РНК (rRNA). Также есть некодирующая, но регулирующая D-петля. Особенности мтДНК, которые важно учитывать: 🔵Феномен гетероплазмии – возможность существования в одной клетке более одного типа мтДНК. Это опасная ловушка, уровень гетероплазмии может различаться в тканях одного человека и изменяться с возрастом. Вот и попробуй поймай этого негодяя, вызвавшего заболевание. Особенно актуально для m.3243A>G в гене MT-TL1; 🔵Наследование исключительно по материнской линии; 🔵Нет интронов, феномена сплайсинга и нонсенс-опосредованной деградации РНК; 🔵Некоторые кодоны отличаются от тех, что в ядре; 🔵Большинство вариантов - это миссенс и синонимичные замены; 🔵На настоящий момент референсный транскрипт - NC_012920.1, а запись должна начинаться с m. 🔵Значительная часть белков митохондрий закодирована в ядерной ДНК; 🔵Есть гаплогруппы - кластеры нуклеотидных вариантов, частота аллеля которых составляет не менее 80% среди представителей соответствующей ветви гаплогруппы. Они играют роль в модуляции пенетрантности митохондриальных заболеваний; 🔵Есть две области: гипервариабельный регион 1 (примерно в позиции 16 189) и гипервариабельный регион 2 (примерно в позиции 310), инсерции и делеции здесь считаются известными доброкачественными вариантами. Наиболее эффективный поиск вариантов и CNV в мтДНК проводится методом NGS - секвенирование мтДНК, но можно применять также ПЦР и секвенирование по Сэнгеру. У NGS есть ряд преимуществ: 🔵Высокое покрытие – помогает преодолеть проблему гетероплазмии (не решается полногеномным секвенированием); 🔵Возможен поиск сразу всего - протяженных делеций, перестроек внутри мтДНК и SNV, в том числе ранее не описанных VUS (да, теперь и такие звери есть). Что почитать перед анализом? 🔵База - спецификация критериев ACMG от ClinGen, ее разберем подробнее; 🔵Отличный гайд ACGS, в котором «по полочкам» разложили то, как диагностировать митохондриальные заболевания: выбор метода, ткани и другие тонкости; 🔵Отдельная инструкция для тРНК-вариантов, но это авторский fabric и не ClinGen details, есть еще комментарии к нему. Полезные ресурсы (предупреждаем, все они выглядят недружелюбно и пугающе): 🔵MITOMAP: библия и евангелие мтДНК. Здесь база данных о вариантах и нормальной мтДНК, ресурс для анализа вариантов MITOMASTER и многое другое. MITOMASTER выводит базовую информацию о варианте, ссылки на статьи, частоту по gnomADv3.1, предсказание MitoTIP, данные из Helix и др, но критерии не считает; 🔵MSeqDR – ресурс для аннотирования, анализа единичных мт-вариантов. Позволяет посмотреть HmtDB, данные из dbNSFP, MSeqDR, ClinVar, ICGC, COSMIC, популяционные частоты, а еще содержит данные из MITOMAP. Есть своя «база знаний». Данные о вариантах взяты с LOVD, некоторые функции только на hg 19, будьте осторожны; 🔵MitoVisualise – визуализирует варианты в мтРНК-генах через анализ структуры; 🔵gnomAD, v3 – содержит данные о частотах вариантов в разных гаплогруппах и типичных Genetic Ancestry Group, а также о количестве человек с вариантов; в гомо или гетероплазмии, просто великолепно; 🔵В базе вариантов ClinGen есть некоторые мт-гены; 🔵Не хочется никого учить курить, но Franklin и GeneBe поддерживают анализ мт-вариантов. Много ресурсов приказало долго жить, а что-то расскажем по ходу пьесы, но основное перечислили. Думайте. Подписаться. Скука интерпретатора

Всем привет! Мы снова на связи 🔊 На этот раз начали с публикации в уважаемом канале Скука интерпретатора Рассказали о полезных ресурсах для интерпретации вариантов в митохондриальной ДНК ⬇️

Быть джентльменом — значит не только следить за стилем, но и проявлять заботу, быть готовым помогать. В этом году на DGR 2026 вместе с Лабораторией геномики Пироговского Университета мы говорим о поступках, которые действительно имеют значение. На площадке мероприятия каждый сможет вступить в Федеральный регистр доноров костного мозга. Для этого необходимо сдать 1 пробирку венозной крови – 3-4 мл. А если в будущем ваш генотип совпадет с генотипом пациента, нуждающегося в трансплантации костного мозга, то вы сможете спасти его, сдав костный мозг (гемопоэтические стволовые клетки). Подойдите к шатру Лаборатории и автомобилю Скорой помощи, чтобы узнать подробности — и, возможно, стать для кого-то настоящим героем. Подробнее о донорстве костного мозга. Онкогенетический анализ — бесплатно! Лаборатория геномики Пироговского Университета дарит сертификат на 100% скидку для проведения медицинской услуги: А27.30.178 Онкогенетический анализ. Полноэкзомноесеквенирование человека и анализ панели генов «Наследственный рак» — это полноэкзомное секвенирование и исследование панели из 156 генов, связанных с наследственным раком. Включена консультация врача-генетика. Как получить? Два сертификата будут разыграны случайным образом среди зарегистрированных участников заезда, ещё несколько получат победители медленного заезда и других номинаций на DGR Москва 2026. Почему это важно? Злокачественные новообразования - вторая по частоте причина смерти в России. • Около 20% онкологических заболеваний связаны не только с сочетанием случайных факторов, образом жизни и воздействием окружающей среды, но и с мутациями в генах-супрессорах опухолевого роста. • 10–20% случаев рака предстательной железы относятся к наследственным формам, обусловленным мутациями в генах BRCA1, BRCA2, MLH1, MSH2, MSH6 и других. • Раннее выявление генетической предрасположенности позволяет своевременно начать наблюдение и улучшить прогноз пациента. Особенно важно пройти исследование людям, у которых есть родственники, страдающие онкологическими заболеваниями. Бонус: в исследование входит анализ панели генов «Вторичные находки». Это список генов, разработанный The American College of Medical Genetics and Genomics, мутации в которых связаны с опасными заболеваниями, способными длительное время протекать бессимптомно.   Внимание: исследование не исключает ненаследственные формы рака. Заключение не является диагнозом и не заменяет консультацию врача-генетика.   Все сертификаты будут действительны до 01.09.2026 включительно. Контакты Лаборатории: Email: lab@rsmu.ru ТГ: @genomelab_io Телефон: +7 905 702 20 12 Адрес: Москва, ул. Островитянова, д. 1, стр. 1 Лицензия № Л041-00110-77/00575082 от 26.11.2019 Выдана Федеральной службой по надзору в сфере здравоохранения

🤯Назначили WES или WGS, а пришло пустое заключение? Значит ли это, что генетическое заболевание исключено? 🫣Методом NGS можно подтвердить, но нельзя исключить наследственное заболевание. Все дело в ограничениях метода NGS, а также в требованиях, которые…

Апрель - месяц осведомленности о первичных иммунодефицитах  Расскажем грустную историю. Дэвид Виттер, или «мальчик из пузыря», родился в США в 1971 году. Его брат, тоже Дэвид Виттер, умер в возрасте 7 месяцев от тяжелого комбинированного иммунодефицита. Поэтому родителям предложили сразу поместить новорожденного ребенка в стерильный пластиковый пузырь. В подобном пузыре ребенок прожил всю жизнь. К Дэвиду было приковано внимание прессы, а NASA создала специальный скафандр для прогулок. К сожалению, единственный возможный тогда метод лечения -  трансплантация гемопоэтических стволовых клеток. Донором для Дэвида стала сестра. Но у мальчика началось отторжение трансплантата, а затем развилась лимфома Беркитта, которая привела к летальному исходу. 🕰️ Как обстоят дела сегодня? 🩸Вряд ли врачи будут советовать пациентам родить заранее больного ребенка, чтоб потом посадить его в пластиковую капсулу. 🩸Родителей, вероятно, направили бы к генетику для проведения преконцепционного скрининга и ЭКО с ПГТ-М 🩸По состоянию на 2024 год, Дэвиду поставили бы точный диагноз с вероятностью около 40% 🩸Лечение первичных иммунодефицитов продвинулось за последние годы, появились таргетные препараты, а подбор доноров для трансплантации стал точным и серьезным. 🩸И еще раз хотим напомнить 12 настораживающих признаков первичных иммунодефицитов Будьте внимательными на приемах и назначайте ДНК-диагностику правильно🥹 Только клинического диагноза часто не хватает🙏🏻

25 апреля - международный день ДНК В этот день в 1953 году вышла статья в журнале Nature «Молекулярная структура нуклеиновых кислот: структура дезоксирибонуклеиновой кислоты». Ее авторы, Джеймс Уотсон и Френсис Крик, впервые корректно описали структуру ДНК. Экспериментальную часть работы выполнила Розалин Франклин. В 2003 году 25 апреля официально завершился проект «Геном человека». В общем, совершенно особенная дата для мировой генетики 😎 Но сейчас немного о другом. Посмотрите, как Ф.Крик рассказывает своему сыну об открытии, фрагменты на фото: Only A with T And G with C Now we believe that DNA is a code Полный текст можно прочитать в комментариях, много любопытных моментов🤓 В общем, любите биологию и отправляйте друг другу открытки💌

NGS, next-generation sequencing, или высокопроизводительное секвенирование, - это метод определения последовательности ДНК, основанный на одновременном параллельном прочтении множества фрагментов исходного материала. 🦉Это магия вне Хогвартса, когда набор…