Задумчивая крыса

В продолжение разговора. У Evo2 в два раза больше цитирований, чем у AG;) Что работает, а что хохма, пояснять, думаю, не нужно

Пока скептики дискутируют о том, могут ли языковые модели ДНК быть полезны, те, кто собственно работает над их применением, публикуются в Science и создают новые лекарственные препараты: https://www.science.org/doi/10.1126/science.aec2657

Геномная «шифровальная книга» — ключ к пониманию генной регуляции у человека Опубликованы результаты большого международного проекта Codebook по определению ДНК-паттернов («мотивов») и участков связывания транскрипционных факторов в геноме человека. Ученым удалось выявить десятки тысяч ранее неизвестных сайтов связывания малоизученных транскрипционных факторов. Такие знания необходимы для аннотации индивидуальных вариантов в регуляторных районах генома и поиска ключевых белков-регуляторов, определяющих пути дифференцировки клеток и изменения экспрессии генов при патологиях. Анализом ДНК-мотивов в консорциуме Codebook руководили российские биоинформатики, которые рассказали PCR.NEWS о своей работе. Подробнее #новости PCR.NEWS в ВК | PCR.NEWS в Дзен | PCR.NEWS в MAX

Тут еще надо отметить, что caQTL из этих датасетов — достаточно легко предсказываемые товарищи и в кулуарах критикуются. Т.е еще и сам бенчмарк такой себе. Любят его именно ChromBPNet-guys, по понятной причине)

А где AG, Borzoi, Enformer хоть:? Это еще одна проблема самого наличия днк-языковых моделей — далее можно что угодно продать как "sota", просто сраниваясь с этим расхлайпленным, но очевидно хуже работающим нечто.

А где AG, Borzoi, Enformer хоть:? Это еще одна проблема самого наличия днк-языковых моделей — далее можно что угодно продать как "sota", просто сраниваясь с этим расхлайпленным, но очевидно хуже работающим нечто.

Еще fun fact. У DNABERT цитирований БОЛЬШЕ, чем у используемого на практике и работающего (просто не везде) Enformer. Одной из ключевых моделей в области Просто жечь бензином, тут уже не спасти

Можно спросить, почему я почти маниакально и с упорством заслуживающим лучшего применения твержу что днк-языковые модели – неработающая фигня. Ну ибо их апостолы с тем же остервением доказывают, что те работают, даже из графиков, где, при внимательном чтении…

Ну и ибо даже в утверждении "днк-языковые модели — дрянь", положено сомневаться, я их время от времени тестирую на своих задачах. С результатом до боли предсказумым. Например, недавно я тестировал эмбединги ARSENAL для готовящейся статьи. Ну не работают они( Потому злость еще из древнего мема "потраченного времени жаль, пятикратно претренированный кал"

Можно спросить, почему я почти маниакально и с упорством заслуживающим лучшего применения твержу что днк-языковые модели – неработающая фигня. Ну ибо их апостолы с тем же остервением доказывают, что те работают, даже из графиков, где, при внимательном чтении, про это ничего нет.

https://cs.hse.ru/mlbio/2026/ Пошумим немного. В это раз надеюсь именно на практике сосредоточиться. Что ДНК-языковые модели — дрянь, будет сказано, но мало

Отдельно от себя добавлю, что завидую непуганным иди рыцарям в сияющих доспехах, которые уверены, что так происходит только в журналах Q4, или только в российской науке. Описанный процесс вскрывался в случае A* мл-конференций (когда авторы спецом расставляли метки и теги, чтобы публикации попали к знакомым, а знакомые узнали, чья работа). Не нов он и для журналов типа Nature, где знакомство с редактором и возможность побеседовать за бутылочкой кофе открывает многие двери. И порой ускоряет рецензию с 2-3 лет до полугода. Да и списки потенциальных рецензентов (и тех, кого нельзя пускать рецензировать их работу) мастодонты в области составляют блестяще. Потому итоговый уровень сих публикаций определяется финансированием, ресурсной базой, и, порой, более прямыми руками исследователей (ибо в лабы публикующиеся в nature все же есть отбор). А не "независимым честным рецензированием". Завидую, впрочем не до конца. Ибо ежели рыцарям все же доведется увидеть картину выше, то силы для преодоления кризиса ценностей им понадобятся. Включая и потраченные впустую на борьбу с "в Q4 рецензируют по знакомствам"

мы в Тишине лаборатории уже разбирали данное явление, когда ряд учёных трясёт от своих коллег, что публикуются в низкорейтинговых журнала, где подробно объяснили, почему такие борцы за чистату крови против журналов Q4 ничего хорошего не принесут научному сообществу

#конференции Что: ASCA CONGRESS 2026 Темы: single cell и пространственные омиксные технологии. Программа охватывает широкий круг направлений: онкологию, гематологию, иммунологию, биоинформатику, нейробиологию, микробиологию, редкие заболевания, биологию развития, регенеративную медицину и исследования растений Когда: 14-16 Октября Где: РУДН, Москва Участие бесплатное Регистрация до 24 июля

Крутые ребята

Чья б КООрова мычала...

ДА!