Ковровая терапия

а еще подачи на пхд были для меня какой-то огромной эмоциональной нагрузкой. И, наверное, главный экшен айтем этого поста для тех, кто собирается идти по этому пути страданий — это лучше не делать в одиночку. Рядом со мной были мои близкие, мои друзья, коллеги.…

Этот, глубоко личный, пост я хотел написать уже давно, и одновременно откладывал. Сегодня мне пришел очередной отказ, так что откладывать дальше уже некуда. Это пост про мои пхд подачи в этом году, наблюдений и рефлексии на этот счет. to make long story…

Этот, глубоко личный, пост я хотел написать уже давно, и одновременно откладывал. Сегодня мне пришел очередной отказ, так что откладывать дальше уже некуда. Это пост про мои пхд подачи в этом году, наблюдений и рефлексии на этот счет. to make long story…

...На одной из европейских PhD программ (где, кстати, процесс интервью был организован ужасно, никакой опции "слотов" не было — просто в пятницу всем кандидатам сообщили, что в понедельник будет интервью) списки интервьюируемых выложили открыто. То есть я видел всех, кто конкурирует со мной за позицию. Разумеется, я не смог удержаться от того, чтобы прочекать своих конкурентов. Один из них (который, судя по всему, эту позицию и получил) оказался человеком, который на момент своей второй магистратуры имел индекс хирша 9 (прописью: девять). И это не за счет каких-то статей-братских могил. Вполне уважаемые статьи в хороших журналах, включая Scientific Reports, в большинстве из которых он — первый автор. Всякая биоинфа с анализом публичных датасетов, подозреваю, что с большим количеством вайбкодинга. Понятно, что теоретически это может сделать кто угодно, и добиться такого же, хм, хирш-максинга, но есть ощущение, что если даже я начну заниматься подобным вот сегодня, то конкурентным мое сиви станет разве что к подачам на 2028 год. Да, множество моих друзей мне сказало, что это какое-то странное исключение, единичный человек, хакнувший систему. Но в условиях резко возросшей конкуренции то, что недавно было чем-то из ряда вон очень скоро станет минимумом. И время играет против меня. Я думаю, что уровень конкуренции в грядущей кампании поступлений будет еще выше, чем на прошлой. Пост становится каким-то огромным, а ведь это еще далеко не все... [1/...]

Этот, глубоко личный, пост я хотел написать уже давно, и одновременно откладывал. Сегодня мне пришел очередной отказ, так что откладывать дальше уже некуда. Это пост про мои пхд подачи в этом году, наблюдений и рефлексии на этот счет. to make long story short: 13 заявок на программы, где-то вдвое больше холодных и не очень имейлов профессорам и ни одного оффера за год. Где-то я прошел до интервью и вэйтлистов и получил отказ уже после, где-то — нет. Не то, чтобы это был совсем уж Сизифов труд, какие-то коннекты у меня появились, одна PI пообещала попробовать выбить мне хотя бы интерншип "для начала", пара других обещали вернуться попозже с апдейтами (ну или это просто вежливая формулировка отказа). Но, конечно, ощущение синдрома самозванца, давно забытое со времен старшей школы, ко мне вернулось со страшной силой, равно как и ощущение, что я столкнулся с чем-то непреодолимым. Поэтому если вы сейчас в такой же ситуации, или знаете кого-то, кто в такой ситуации находится — может, какие-то мысли из этого поста вам отзовутся. Ну, обо всем по порядку. Нулевой вопрос: зачем мне это все было нужно? Я отлично знаю, что пхд это очень неблагодарный труд, полный газлайтинга ("вы студенты" по отношению к, по сути, квалифицированному фуллтайм работнику), низкой оплаты труда и других неприятных вещей в современной академии. Я отлично знаю, что академическая система вообще все еще спроектирована не для таких, как я, а для детей раньте, кто может себе позволить не беспокоиться о том, какие там в науке будут деньги. Я знаю, что наука есть и вне типичного академического пайплайна. И какой-то там титул доктора для меня явно не самоцель. Но я хочу заниматься биомедициной, и я хочу делать там свои проекты. И практически ровно год назад, взвесив все за и против, я понял, что PhD мне все же для этой цели нужно. Причем не PhD в рандомном месте и статьи ради статей, а там, где я смогу получить нужный нетворк, познакомиться с людьми и вообще фреймить это скорее через возможность входа во что-то сильно большее. В обратном случае я мог бы просто делать какую-нибудь интересную мне биоинфу на коленке из любой точки мира, и потом по ней защититься. Но, к сожалению, этот вариант мне не подходит. Больше всего я хотел (и хочу) в Америку. Несмотря на все страшилки про урезание грантов, на слова самих американских профессоров о том, что работать становится сложнее, и на мой страх перед визовой бюрократией, те американские лабы, в которые я собирался подаваться, находятся далеко впереди своих европейских коллег, а американский рисерч майндсет мне, как мне кажется, подходил намного больше. Напомню, что процесс поступления в американские университеты выглядит так: сначала подаешься на программу от самого университета, а завлабы в первичном листинге участия не принимают. Желающий принять тебя к себе завлаб — это полезно, но совсем не решающий фактор. Но я писал американским завлабам холодные имейлы довольно много. Моим первым наблюдением было то, что американские профессора отвечают на имейлы всегда. Иногда не сразу, а через несколько дней, но гостинга, который был у меня впоследствии с европейскими профессорами скорее правилом, чем исключением, не было никогда. Мне ответил даже Дэвид Бэйкер — то есть Нобелевский лауреат нашел время на то, чтобы прочитать имейл от ноунейма, сказать мне подаваться к нему в университет, да еще и сконтачить со своим постдоком. В общем, на момент начала подачи в американские университеты, я действительно был оптимистичен и верил в то, что хоть где-то что-то получится. Но в итоге сама подача вышла довольно скомканной. Форматы заявок отличались от университета к университету очень сильно — где-то мотивационное письмо требовалось в формате монолитного текста, где-то в виде ответа на пять разных вопросов, где-то — в еще каких-то более странных формах. А дедлайны подач, напомню, у большинства университетов примерно в одно время. В итоге, спустя несколько раундов написаний и переписываний (на тот момент я еще опасался полноценно использовать ллмки для этого) я решил сконцентрироваться на тех вариантах, в которых был заинтересован больше всего, и скипнуть "запасные". Это был UWash (как раз там, где работает Бэйкер, на этот вариант я возлагал больше всего надежд), Стенфорд и Penn. На последнем издыхании этой волны подач, уже в начале декабря, я еще закинул заявку в Кембридж, но уже без особых иллюзий. А потом начали приходить отказы. После Нового года у меня еще была жива надежда на UWash (они обрабатывали мою заявку дольше всех), но, в целом, я уже понимал, что с Штатами у меня не получилось. Следующие полгода проходили примерно так: я изучал европейские PhD агрегаторы, подавался на программы, подавался на одиночные позиции, получал отказы на той или иной стадии и повторял. В процессе я очень много общался с теми своими друзьями и коллегами, которые прошли весь этот путь, и получил довольно много советов, противоречащих друг другу. Очень многие говорят, что открытые позиции в Европе открыты "для своих" и формально, и реально действенный способ — это просто писать на почту понравившемуся завлабу, и тогда, может, позиция найдется, даже если ее нет на сайте. Другие же говорят, что это уже неактуально, любые позиции постятся сразу, и если позиций нет — писать холодное письмо практически бесполезно. Самая же интересная категория советов заключалась в том, что писать холодные письма имеет смысл только в очень определенном временном промежутке, когда завлаб только недавно получил деньги, но еще не выложил объявления о наборе докторантов. Тогда есть шанс успеть выделиться, потому что как только объявление выкладывается — завлаб получает десятки, а то и сотни заявок. Но абсолютно все сходятся в одном. В европейской академии (не только в странах западного ЕС, но и Швейцария) стало намного меньше денег, чем еще недавно. И, как следствие, конкуренция стала намного выше. И вот это предмет моей главной фрустрации. Если причина отказов в том, что я там как-то плохо пишу мотивационные письма, и все мои друзья и коллеги, которым я эти письма показывал, не видят каких-то критических пробелов — это одна история. Ну, сяду и переучусь. А вот если причина отказов в том, что мое сиви уже неконкурентное для нормального места — это намного, намного хуже. Все, кому я показывал мое сиви, говорили, что все с ним нормально. Есть и публикации, и тезисы, и сильный фит. Но эти люди поступали на пхд раньше, в других реалиях. Может быть то, что было хорошим сиви еще пару-тройку лет назад, сейчас уже никого не впечатлит? Может, я потерял окно возможностей, когда не подался после бакалавриата? Может, то, что еще пару лет назад говорили, что для хорошего пхд необязательно иметь первоавторные статьи в всяких престижных журналах уже не соответствует действительности? Это намного более тревожащее объяснение моего провала в этом году. За оставшееся время до следующей волны приема я едва ли успею опубликовать хоть что-нибудь где-либо лучше, чем в MDPI.

Вопрос грейпфрутового сока и его драматических ситуэйшеншипов с цитохромами печени периодически возникал в моем разуме не много и не мало с 9 класса, когда я впервые об этом узнал. Всем известно, что в грейпфруте есть всякие там фуранокумарины, ингибирующие цитохромы P450, которые нужны для окисления всякого нехорошего, что проходит через гепатоциты. Из-за этого грейпфрутовый сок нельзя сочетать с огромным количеством лекарств. Но при этом в интернете, да и даже среди профессиональных врачей часто можно услышать мнение про то, что на алкоголь этот запрет тоже распространяется, и, дескать, коктейли с грейпфрутовым соком это нехорошо. У меня же некоторое время была противоположная гипотеза. Всем известно, что алкоголь до ацетальдегида метаболизируется, в основном, алкогольдегидрогеназой, и ни для кого не новость, что чем медленнее АДГ переведет этанол в альдегид, тем, очень грубо говоря, лучше -- психоактивное действие алкоголя будет дольше, а интоксикации альдегидом меньше. Но помимо АДГ, с алкоголем также работают и цитохромы P450 (микросомальное окисление/MEOS). И делают они как умеют, то есть очень неприятным для клетки способом, куда более неприятным, чем просто генерация ацетальдегида, в процессе генерируя свободные радикалы и устраивая гепатоциту окислительный стресс. К счастью, сродство АДГ к этанолу сильно выше, чем у соответствующих цитохромов, и такое цитохромное окисление происходит только тогда, когда весь пул свободных АДГ в клетке уже занят -- то есть, когда выпито уже много. Так вот, некоторое время на первых курсах я думал: а что если грейпфрутовый сок в составе алкогольного коктейля это не враг, а друг? Ломает цитохромы, не дает окислению идти по более опасному пути, заодно и больше этанола будет ждать своей очереди на АДГ. Оказалось все очень прозаично. Грейпфрутовый сок вообще никак значимо на метаболизм алкоголя не влияет. Дело в том, что главная изоформа цитохрома Р450, окисляющая алкоголь в ходе MEOS -- CYP2E1, а она к действию кумаринов из грейпфрутового сока буквально самая нечувствительная из всех (вопреки распространенному мнению, чувствительные изоформы не ограничиваются CYP3A4). Сегодня мысль про микросомальное окисление алкоголя посетила меня вновь. И как оказалось в ходе удовлетворения моего любопытства, список того, что действительно умеет ингибировать CYP2E1, оказался весьма интересным. Во-первых, это дисульфирам. То есть то самое "лекарство" от алкоголизма, которое делает употребление алкоголя невыносимым через блокировку альдегиддегидрогеназы, и, соответственно, увеличение времени интоксикации ацетальдегидом. Ну, то есть помимо того, что он делает плохо через блокировку АльДГ, он ещё и делает чуть-чуть лучше через блокировку CYP2E1. Очень интересно, но использовать дисульфирам в качестве минимизации вреда очевидно, не получится. Другим интересным веществом с ингибиторной активностью по отношению к CYP2E1 оказался никто иной, как диаллил сульфат (DAS). Кто не помнит, это один из главных компонентов чесночного запаха. Очевидно, в сыром чесноке его невероятно мало, и чтобы достичь каких-то значимых ингибиторных концентраций, этот чеснок нужно есть килограммами. Но зато нет сродства к АльДГ, то есть пить он, в теории, не мешает. Не знаю, к чему вдруг вспомнил, но просто интересно. Наверняка о чем-то подобном, типа ингибирования CYP2E1 для более безопасного распития уже кто-нибудь думал...

А ВОТ ЧТО БЫ МИЗАНТРОПИК РЕАЛЬНО МОГ СДЕЛАТЬ ХОРОШЕГО ДЛЯ ВСЕХ ВМЕСТО ПУБЛИКАЦИИ ВЕСОВ МОДЕЛЕЙ — ТАК ЭТО ВЫЛОЖИТЬ В ОТКРЫТЫЙ ДОСТУП АРХИВ КНИГ, КОТОРЫЕ ОНИ СКАНИРОВАЛИ ДЛЯ ОБУЧЕНИЯ СВОИХ МОДЕЛЕК. Если кто-то пропустил этот скандал, то выяснилось, что Антропик…

пора делать очередной пост про темы, в которых я ничего не смыслю, но очень люблю: эйай, срачи в твиттере и политику. Посты про биологию и академию будут скоро. Надеюсь. Как всегда под спойлером, чтобы не смущать ваши глаза моим имхо. Итак, в пятницу CEO…

пора делать очередной пост про темы, в которых я ничего не смыслю, но очень люблю: эйай, срачи в твиттере и политику. Посты про биологию и академию будут скоро. Надеюсь. Как всегда под спойлером, чтобы не смущать ваши глаза моим имхо. Итак, в пятницу CEO Нвидии завел аккаунт в твиттере и опубликовал воззвание за модели с открытым весом. Под этим воззванием собрались чуть ли не все крупнейшие имена ойти, от Linux Foundation до Илона Маска и Палантира. А главным врагом моделей с открытым весом стал (вернее, был) Антропик (если кто забыл — это те, которые Клод делают). Сегодня Дарио Амодей выкатил колонку, где аргументировал свою позицию, и вот как раз про это я решил порассуждать. Оставим в стороне его типичные аргументы про биооружие, это, на мой взгляд, обычная попытка набить себе цену для фармкомпаний. А вот поинт "модели с открытыми весами намного сложнее контролировать, safety guidelines намного легче обойти, и поэтому диктатурам будет легче их использовать для создания кибергулага" — как раз то, о чем стоит подумать. Дарио в колонке писал про Китай, но, я думаю, что Китаю как раз меньше всего будут страшны ограничения, у них и свои модели есть, хоть и не фронтирные. Моя мысль тут заключается в том, что во-первых, мы вообще сейчас находимся в довольно уникальной ситуации, когда создатели новой технологии настолько сильно верят в ее потенциал, что думают об этичности ее использования на десять шагов вперед. Обычно технологии диктатур создавались без всей этой помпы о лучшем человечестве, без глубокой рефлексии об этике, а просто как какая-нибудь скучная штука для полиции. Ну либо внутри самих диктатур, за усиленный паек в НИИ, а все свои переживания засовывали куда поглубже (кстати, подумал, интересно было бы сравнить рефлексию Дарио с рефлексией Глеба Нержина из "В круге первом"). Во-вторых, этой технологии посчастливилось появиться в стране, которая, несмотря на все свои минусы, в текущий момент истории имеет, наверное, больше всего в мире слоев защиты общества от враждебного технологий правительством. Это и FOIA, и постоянные сенатские слушания для слишком активных директоров агентств, и Первая поправка, и в целом высокая поляризация общественного мнения по вопросу слишком высоких полномочий правительства, делающая возможным всякие кейсы Сноудена. Из всех технически продвинутых держав технология появилась именно в той стране, которая имеет наименьший потенциал когда-либо трансформироваться в диктатуру (если вы сейчас думайте что-то про страны западного ЕС, подумайте еще раз. Ну, кейс Швейцарии не берем, он слишком локальный). И вот сейчас, со всеми этими счастливыми совпадениями, не будет ли публикация весов фронтирных моделей подарком для Винни-Пухов и примкнувших к ним Пынь? С одной стороны, понятно, что кибергулаг успешно строится и без этих самых фронтирных моделей, и всяких скучных непомпезных штук типа ин-хаусных аналогов Палантира правительствам вполне достаточно, чтобы высокотехнологично изводить своих и чужих граждан. С другой, майндсет "если они все равно смогут делать гадости, то какая разница?" мне кажется довольно опасным. Пусть лучше мы никогда не узнаем, насколько сильно скармливание гэбэшных баз данных Клоду усилит эффективность этих самых гэбух по сравнению с их традиционными софтами, чем выясним, что сильно. Пусть лучше Пал Лаич и его бумеры будут бояться, что в Клоде сидит ЦРУшный бэкдор, и строго запрещать всем сотрудникам любых ведомств использовать его в работе, чем у него будут открытые веса и возможность запускать модель локально. Не хочется звучать как адвокат дьявола, но как будто, закрытые фронтирные модели, пока они находятся в руках именно американских компаний — это меньшее из зол для того, чтобы замедлить использование этих самых моделей в возведении кибергулагов. Риски же локального использования моделей простыми смертными мне кажутся совсем ничтожными и высосанными из пальца. Видеокарты стоят дорого, а чтобы сделать что-то реально опасное для кого-либо, кроме себя, простому смертному нужно обладать немалыми техническими скиллами — то есть AI здесь вообще не главный ограничивающий фактор, с таким же успехом можно просто обойти меры безопасности через аккуратные формулировки промпта. Другое дело, что меры, предложенные Дарио (продолжение запрета на импорт видеокарт в Китай), скорее всего, не будут эффективны в долгосрочной перспективе. Рано или поздно все они воспроизведут, и фотолитографию, и сами чипы.

Случайная мысль Анализ изобретений пингвина Ковальски и доктора Блоухола из мультфильма Пингвины Мадагаскара с точки зрения венчурной инвестиционной привлекательности

ой как все жаворонки иммунотерапевтического мира бегали с этой статьей про то, что утро вечера для Т-клеток мудренее. Ну, может оно и так, но! Но!

А мне, кстати, нравится, как быстро взлетают сейчас теории "За всем стоит Питер Тиль", и как быстро они занимают ниши теорий "за всем стоит Джордж Сорос". Точно также, как раньше было модно соединять воедино все то, куда шли деньги Открытого Общества, сейчас люди ищут взаимосвязи, например, между Палантиром и стартапом, который делает ошейники для коров и получил деньги от Founders Fund. Причем, эти нарративы распространяются не только в традиционных нишах любителей теорий заговора, но и в вполне "нормальной" части интернета, типа Инстаграма (который, кстати, принадлежит Мете, которая, кстати, Thiel-backed). В таком быстром захвате рынка конспирологии даже есть что-то эдакое венчурное, что так любит сам Тиль. Но, Боже мой, когда уже люди выучат, в чем идеологическая разница между Тилем и Карпом, и кто из них реально рулит Палантиром...

Идея этой шутки родилась в моей голове настолько случайно, насколько это возможно... И да, мне стыдно. Зодиакальные созвездия и соответствующие им биологические методы. Рыбы -- FISH Овен -- sheep RBC assay Телец -- в принципе, любой assay, где используется FBS Близнецы -- близнецовый метод и тетрадный анализ Рак -- рак и есть (любой assay с иммортализированными линиями, начиная от HeLa) Лев -- LION (голденгейт сборка гРНК векторов для CRISPR/Cas) Дева -- де-ново сборка Весы -- весы (гравиметрия) Скорпион -- тесты цитотоксичности Стрелец -- метод дробовика Козерог -- ИФА с anti-goat antibodies Водолей -- метод серийных разведений Ну а змееносец это, очевидно, биоинформатик-питонист

серьезные посты будут скоро (надеюсь! правда будут...). А пока регулярная рубрика смешные скрины твиттера